قضية من القضايا التي يعلمها في الجامعة بعد الفلاسفة مبادئ الحادية لا تتفق مع الدين، وهذه القضايا هي:
انه لا يوجد في الناس كلهم إلا عقل واحد .... وان العالم أزلى … وانه لم يوجد قط رجل أول … وان النفس تفسد بفساد الجسم … وان إرادة الإنسان تريد وتختار بحكم الضرورة … وان الله لا علم له بالحوادث الفردية … وان أعمال الإنسان لا تسيطر عليها العناية الإلهية (٤٣).
ويبدو أن مدرسة ابن رشد الفلسفية ظلت تعلم كما كانت تعلم من قبل، وشاهد ذلك أن الأسقف اصدر في عام ١٢٧٧ ثبتاً بتسع عشرة ومائتي مسألة قرر رسمياً إنها تسم القائلين بها بالإلحاد. وهذه المسائل، على حد قول الأسقف، كان يعلمها سيجر أو بؤيثوس الداشياوي Boethius of Dacia أو غيرهما من أساتذة جامعة باريس ومنهم القديس تومس نفسه. وكانت هذه المسائل التسع عشرة والمائتين تشمل التي حكم عليها في عام ١٢٦٩ وغيرها من المسائل الشبيهة بالأقوال الآتية:
إن عملية الخلق مستحيلة … إن الجسم إذا فسد (بالموت) لا يمكن أن يقوم بعدئذ بوصف كونه الجسم نفسه … أن من واجب الفيلسوف ألا يؤمن ببعث في المستقبل، لان هذا لا يمكن ان يمحصه العقل … أن أقوال علماء الدين قائمة على الطرافات … أن علوم الدين لا تضيف شيئاً ما إلى معلوماتنا … أن الدين المسيحي يقف في سبيل العلم … أن الإنسان يحصل على السعادة في هذه الحياة لا في غيرها … أن العقلاء في هذه الأرض هم الفلاسفة وحدهم … انه ليس ثمة حالة افضل من أن يجد الإنسان فراغاً في دراسة الفلسفة (٤٤).
وأدانت محكمة التفتيش سيجر في شهر أكتوبر من عام ١٢٧٧؛ وقضى سنيه الأخيرة في إيطاليا سجيناً بأمر المحكمة الرومانية حتى اغتاله مختال نصف مجنون في أرفيتو Orvieto.