في سيزاري، بل إنه فعل ما يدل على عكس هذا، فعينه مصفياً لتركته. وكان أول ما ورد من الأقوال عن أن سيزاري هو القاتل في رسالة كتبها بنيا Pinga سفير فيراراً في الثاني والعشرين من فبراير عام ١٤٩٨ بعد ثمانية عشر شهراً من وقوع الحادث، ولم يربط الرأي العام بينه وبين الجريمة إلا بعد أن كشف عن كل ما في أخلاقه من قوة وقسوة؛ وحينئذ فقط اتفق مكيفلي وجوتشيا رديني على اتهامه بها. ولعله كان قادراً على ارتكابها في مرحلة أخرى من مراحل تطوره لو أن جيوفني عارضه في أمر من الأمور الحيوية؛ ولكنا نكاد نجزم أنه برئ من هذه الجريمة.
ولما أسترد البابا سلطانه على نفسه جمع مجلساً من الكرادلة (١٩ يونية سنة ١٤٩٧)، وتلقى تعازيهم وأبلغهم أن "دوق غنديا كان أحب إليه من أي شخص في آخر العالم"، وقال إن هذه المصيبة "هي أكبر المصائب التي يمكن أن تحل به" عقاباً له من عند الله على ذنوبه، ثم أضاف "ولقد عقدنا العزم على أن نصلح من شأن حياتنا، وأن نصلح الكنيسة .... وستكون المناصب من هذه الساعة وقفاً على من يستحقونها، تعطى حسب أصوات الكرادلة. ولن نتحيز قط لأقاربنا، وسنبدأ الإصلاح بإصلاح أنفسنا، ثم نسير به في جميع مراتب الكنيسة حتى ننجز العمل كله"(٥٣). وعينت لجنة من ستة كرادلة لتعد برنامجاً للإصلاح؛ وأخذت تعمل بجد وقدمت للإسكندر مرسوماً بهذا الإصلاح بلغ من عظم الشأن درجة لو نفذت معها مواده لنجت الكنيسة من حركات الإصلاح الديني التي حدثت في هذه الفترة ومن حركة الإصلاح المضادة. غير أنه لما سئل الإسكندر كيف تقوم موارد البابوية، بغير المال الذي يدفع نظير التعيين في المناصب الكنسية، بالوفاء بنفقات الحكومة، لم يجد جواباً شافياً. ولكن لويس الثاني عشر يتأهب في ذلك الوقت لغزو إيطاليا