وبدأت محاكمتها في الواحد والعشرين من فبراير عام ١٤٣١، واستمرت إلى يوم الثلاثين من مايو. ورأس كوشون المحاكمة، وقام أحد كهانه مدعياً عاماً. ومثل راهب دومينيكي محكمة التفتيش، وأضيف حوالي أربعين من علماء الدين والشريعة إلى هيئة المحكمة. وكانت التهمة هي الهرطقة. وأفتت الكنيسة بأن ادعاء تلقي الوحي الإلهي هرطقة عقوبتها الإعدام، وذلك لكي تقمع الفريق المفزع من المتجرين بالسحر، الذين ابتليت بهم أوربا. فأحرقت الساحرات، لادعائهن القوى الخارقة، والرأي الشائع، بين رجال الكنيسة والمدنيين، أن الذين يدعون مثل هذا الادعاء، يكونون قد حصلوا في الواقع على القوى الخارقة من الشيطان. ويبدو أن بعض قضاة جان، كانوا يعتقدون هذا في قضيتها، وفي رأيهم أن رفضها الاعتراف بأن سلطة الكنيسة باعتبارها، وكيل الله على الأرض، تنسخ أوامر هواتفها، يثبت أنها ساحرة. ثم أخذ أغلبية أعضاء المحكمة بهذا الرأي، ومع ذلك فقد تأثروا من بساطتها الصريحة في أجاباتها، وبتقواها وطهارتها الواضحتين، فقد كانوا بشراً، ويبدو أنهم شعروا بقدر عظيم من الشفقة نحو هذه الفتاة التي كانت في التاسعة عشرة من عمرها، وكان من الواضح أنها ضحية الخوف من الإنجليز. قال وروك بصراحة الجندي "إن ملك إنجلترا قد دفع فيها ثمناً باهظاً، وهو لن يتركها مهما يكن، تموت ميتة طبيعية". واقترح بعض أعضاء المحكمة أن الأمر ينبغي أن يعرض على البابا-وذلك يخلصها ويخلص المحكمة من السلطة الإنجليزية. وأبدت جان رغبتها في أن ترسل إليه، ولكنها عقدت مفاضلة قضت عليها، فإنها تعترف بسلطة العليا في شؤون العقيدة، أما فيما يتعلق بما فعلته إطاعة لهواتفها، فليس لها من قاضٍ غير الله. وأجمع القضاة على أن قولها هذا هرطقة. وقضت في المحاكمة شهوراً أنهكتها، وأقنعت ب، توقع على تنازل عما سبق أن قالته، ثم رأت أنها بهذا ستقضي حياتها سجينة في نطاق القضاء الإنجليزي، فسحب تنازلها، وأحاط الجنود