يشكون من مرض الزهري، وانقسم المستوطنون إلى فريقين متعاديين وكانا عندئذ على حافة الحرب. ولتهدئة التذمر أقطع كولمبس كل رجل مساحة كبيرة من الأرض وسمح له باسترقاق الوطنيين والإقامة فيها، وأصبحت هذه قاعدة تتبع في المستعمرات الأسبانية، وأنهكت الصعاب وخيبات الأمل وداء النقرس ومرض في العينين قوى كولومبس في ذلك الوقت فانهار تحت وطأة هذه المشكلات وكان ذهنه يتكدر بين الفينة والفينة واصبح يستثار بسهولة؛ متذمراً مستبداً، شحيحاً، جائراً في عقابه أو عقابه أو هذا على الأقل ما زعمه كثير من الأسبان فقد تميزوا من الغيظ تحت حكم رجل إيطالي. وأدرك أن مشكلات إدارة المستعمرة كانت دخيلة عليه بالنسبة لتدريبه ومزاحه. وأرسل في أكتوبر عام ١٤٩٩ بعثتين إلى أسبانيا مع التماس لفرديناند وإيزابيلا لتعيين نائب للملك يساعده في حكم الجزيرة.
واخذ الملكان بكلمته وعينا فرانشسكو دي بوباديلا ولكنهما ذهبا إلى أبعد مما طلب أمير البحر فخولا نائبهما سلطة كاملة بل سلطة تفوق سلطة كولمبس. ووصل بوباديلا إلى سانتو دومينجو بينما كان كولمبس غائبا وسمع كثيرا من الشكايات من الأسلوب الذي كان يحكم به كريستوفورو وأخواه بارتولومي ودييجو ما تسمى الآن باسم هسبانيولا وعندما عاد كولمبس ألقى به بوباديلا في غياهب السجن والأغلال في ذراعيه والسلاسل في قدميه وبعد إجراء تحقيق أرسل النائب الأخوة الثلاثة إلى أسبانيا (أول أكتوبر عام ١٥٠٠) وعندما وصل كولمبس إلى قادس كتب خطاباً مؤثراً إلى أصدقائه في البلاط "لقد انقضت سبعة عشر عاما منذ حضرت لأخدم هذين الأميرين بمشروع جزر الهند، ولقد أضاعا من عمري ثمانية أعوام في النقاش وفي النهاية رفضاه كأن الأمر دعابة. ومع ذلك لم أيأس … وها أنذا قد وضعت هناك تحت إمرتهم أرضاً تزيد عما