لا تزال ترى التسامح مفيداً في كسب تأييد الحزب البروتستانتي من النبلاء، وأثنى على الوصية على العرش باعتبارها "أميرة جديرة بالاحترام". وهبت حكمة وكياسة تفردت بهما (١٨). "ونظم اجتماعات بروتستانتية للمصلين في أدنبرة وغيرها من الأماكن وكان له الفضل في أن يتحول على يديه إلى المذهب البروتستانتي أشخاص من ذوي النفوذ، مثل وليام ميتلاند، سيد ليثنجتون، وجيمس ستيوارت الشقيق غير الشرعي لماري ستيوارت الذي قدر له أن يكون وصياً على العرش باسم إيرل أف مراي أو موراي. ولم ترض محكمة كنسية عن هذا التطور، فاستدعت نوكس ليقدم حساباً عن أعماله، وآثر أن يسلك سبيل التروي فتسلل من إسكوتلندة مع زوجته وأمها، (يوليو سنة ١٥٥٦). ولم تستطع المحكمة الكنسية أن تحرق في غيابه سوى تمثال له، وأضفى عليه هذا التجسيم لاستشهاده بدون ألم نبلاً في عيون البروتستانت الإسكوتلنديين، ومنذ تلك اللحظة جعلوه زعيماً للإصلاح الديني الإسكوتلندي، حيث ما حل.
ولقد طور وهو في جنيف، باعتباره راعياً لأبرشية إنجليزية، البرنامج الكالفيني الكامل فيما يتصل بإشراف رجل الدين أخلاق رعايا أبرشيته وسلوكهم، ودعا في الوقت نفسه مسز آن لوك، التي تحولت عن عقيدتها على يديه في لندن، إلى أن تترك زوجها وتأتي مع ابنتها لتعيش بالقرب منه في جنيف، وكتب لها رسائل لا تقاوم:
"يا أعز أخت، لو استطعت أن أعبر لكِ عما أكابده من اشتياق وضنى لحضوركِ فسوف أبدو وقد تجاوزت الحد. نعم إني لأبكي وأبتهج عندما أذكركِ، ولكن ذلك سوف يزول بما أجده من عزاء في حضوركِ، الذي أؤكد لكِ أنه جد عزيز لدي إلى حد أنه لو لم يكن عبء هذه الجماعة الصغيرة، المجتمعة هنا باسم المسيح، قد عاقني، لحضرت إليكِ قبل رسالتي. ولو لم يمنعكِ بعلكِ (زوجكِ) إلى حد ما … لوددت من أعماق قلبي،