واتبع تيمور هذه الوصية إلى حد تحويل الرجال إلى مآذن (تكديس بعضهم فوق بعض للتنكيل بهم).
وفي سنة ١٣٦١ عين خان المغول "خوجة الياس" حاكماً على بلاد ما وراء النهر، وعين تيمور مستشاراً له، ولكن الشاب النشيط لم يكن قد نضج بعد لممارسة فن الحكم، وتشاجر بعنف مع سائر موظفي خوجة الياس، وأجبر على الهروب من سمرقند إلى الصحراء … فجمع حوله عدداً من المحاربين الشبان، وضم عصبته إلى عصبة أخيه الأمير حسين الذي كان في مثل ظروفه. وتجولوا من مكمن إلى مكمن، حتى تحجرت أجسامهم ونفوسهم بسب الأخطار والتشرد والفقر، إلى واتاهم بعض الحظ حين استخدموا لقمع فتنة في سيستان Sistan، وما أن اشتد عود الأخوين حتى أعلنا الحرب على خوجة الياس وخلعاه وذبحاه. وأصبحا حاكمين في سمرقند على قبائل جغتاي (١٣٦٥)، وبعد ذلك بخمس سنوات تآمر تيمور على ذبح الأمير حسين، وأصبح السلطان الوحيد.
وتروى سيرة حياته المشكوك فيها، عن عام ٧٦٩هـ (١٣٦٧م): "دخلت عامي الثالث والثلاثين، ولما كنت دوماً قلق البال لا يقر لي قرار، فقد كنت تواقاً إلى غزو بعض البلاد المجاورة"(٢٠). وكان يقضي أيام الشتاء في سمرقند، وقل أن انقضى ربيع دون أن يخرج فيه إلى حملة جديدة. وقد لقن المدن والقبائل في بلاد ما وراء النهر أن تتقبل حكمه طواعية أو سلماً لا حرباً. وفتح خراسان وسيستان، واخضع المدينتين الغنيتين هراة وكابول، وأحبط المقاومة والتمرد بما كان ينزل من عقاب وحشي. ولما استسلمت مدينة سبزاوار Sabzawar بعد حصار كلفه كثيراً، أسر ألفين من رجالها، "وكدسهم أحياء، الواحد فوق الآخر، وضرب عليهم بنطاق من الآجر والطين، وأقام منهم مئذنة، حتى إذا استقين الرجال جبروت غضبه، لا يعود يغويهم شيطان الصلف والكبرياء". وهكذا روى القصة مادح