٢٠ أبريل ١٥٣٧ عين بولس أربعة كرادلة-كونتاريني، وكارافا، وسيمونيتا، وجينوتشي-لإصلاح قسم الوثائق، وهو ذلك القسم من الإدارة البابوية الذي استشرت فيه الرشوة في منح تلك الإعفاءات، والإنعامات، والامتيازات، والترخيصات، والوظائف ذات الدخل، المحجوزة لتصرف السلطة البابوية. وكانت المهمة تتطلب الشجاعة، لأن قسم الوثائق كان يسلم البابا كل سنة ٥٠. ٠٠٠ دوكاتية (١. ٢٥٠. ٠٠٠ دولار؟) -وهي نصف دخله تقريباً (١٥). وللفور تعالت صرخة ألم من موظفي القسم ومن يلوذ بهم، فشكوا من غلاء المعيشة في روما، وزعموا أن أسرهم سيحل بها العوز سريعاً لو أنهم أكرهوا على مراعاة حرفية القانون. ومضى بولس في حذر، ومع ذلك كان "عمل الإصلاح يسير بهمة" كما كتب ألياندر إلى موروني (٢٧ أبريل ١٥٤٠). وفي ١٣ ديسمبر دعا بولس ثمانين من رؤساء الأساقفة والأساقفة المقيمين بروما، وأمرهم بالعودة إلى كراسيهم. وهنا ارتفعت مئات الاعتراضات مرة أخرى. وحذر موروني البابا من أن العجلة في تنفيذ هذا الأمر قد تحمل بعض الأساقفة على الانضمام إلى اللوثريين إذ يعودون إلى مناطق غلب عليها الآن المذهب البروتستنتي، وهذا ما حدث فعلاً في عدة حالات. وسرعان ما تاه بولس في ميدان السياسة الإمبراطورية، وترك الإصلاح لخلفائه من بعده.
وانتصرت الحركة المطالبة بالإصلاح الداخلي حين ارتقى زعيمهما كارافا كرسي البابوية (١٥٥٥) باسم بولس الرابع. وصدر الأمر إلى الرهبان الغائبين عن أديارهم دون موافقة رسمية وضرورة واضحة بالعودة إليها فوراً. وفي ليلة ٢٢ أغسطس ١٥٥٨ أمر البابا بإغلاق جميع أبواب روما والقبض على جميع الرهبان الآبقين. واتبعت إجراءات مماثلة في جميع الولايات البابوية، وأرسل بعض المدنيين للعمل في سفن تشغيل الأسرى.