وزعمت إليزابث أنها لم تضطهد حرية الرأي، فقالت أن لكل إنسان أن يتمتع بحرية الفكر وحرية العقيدة كما يشاء، شريطة أن يطيع القانون؛ وان كل ما تتطلبه هو الانسجام الخارجي، حرصاً على وحدة الأمة. وأكد لها سيسل:"أن هذه الدولة لن تستشعر الأمان والاطمئنان، ما دام فيها تسامح نحو عقيدتين (٥٤) "- ولو أن هذا لم يمنعها من طلب التسامح مع البروتستانت الفرنسيين في فرنسا الكاثوليكية (٥٥). ولم يكن لديها اعتراض على الرياء المسالم، على ألا تكون حرية الرأي هي حرية الكلام. ومن ثم فأن الوعاظ الذين لم يشاركوها وجهات نظرها في أي موضوع هام كان مصيرهم أن تخرس ألسنتهم أو يطردوا (٥٦). وحددت من جديد قوانين الهرطقة وطبقت. وحرم من حماية القانون طائفة الموحدين (الذين يقولون بالتوحيد لا التثليث) والقائلين بإعادة تعميد البالغين (٥٧). وأعدم أثناء حكم الملكة خمسة من المهرطقين، وهذا رقم متواضع في ذاك الزمان.
وحدد مجمع من رجال اللاهوت في ١٥٦٣ المذهب الجديد. واتفق رأي الجميع على "القضاء والقدر"، فان الله بمحض مشيئته، قبل خلق الدنيا، ودون اعتبار لمزايا الإنسان أو مثالبه، كان قد اصطفى أفراد ليكونوا من الصفوة التي كتب لها الخلاص، على حين ترك بقية البشر من الهالكين الملعونين. وتقبلوا فكرة لوثر عن الخلاص بالإيمان بنعمة الله، ودم المسيح المخلص، على أنهم فسروا "القربان المقدس" بالمعنى الذي ذهب إليه كلفن، أي أنه اتصال روحي أكثر منه مادي بالمسيح. وبمقتضى قرار من البرلمان (١٥٦٦) انتظمت المواد التسع، والثلاثون العقيدة الجديدة، وأصبحت إجبارية على كل رجال الدين في إنجلترا، ولا تزال تعبر عن المذهب الأنجليكاني الرسمي.
وكذلك كانت الطقوس الجديدة حلاً وسطاً. فألغي القداس، ولكن مما أزعج البيوريتانز أن صدرت التعليمات إلى رجال الدين بارتداء الملابس الكهنوتية البيضاء عند تلاوة الصلوات وعند تقديم القربان المقدس. وكان يجب تناول القربان ركوعاً- في شكلي الخبز والنبيذ. واستبدل بالتوسل بالقديسين الاحتفال سنوياً بذكرى أبطال