قسيس "كيرك أو فيلد" القديم في ضواحي أدنبرة، وفسرت ماري عدم نقله فوراً إلى قصر هوليرود بأنه خشيت انتقال العدوى إلى طفلهما. وهناك رقد لمدة أسبوعين، حيث كانت ماري تزوره يومياً. وثابرت على تمريضه والعناية به حتى استرد صحبته، وكتب إلى والده (٧ فبراير ١٥٦٧)" … إن صحتي الجيدة هي .... النتيجة السريعة لحسن الرعاية .... الملكة التي أؤكد لكم أنها كانت طيبة طيلة هذه المدة" ولا تزال، تسهر على العناية بي، على أنها الزوجة الطبيعية المحبة. ومع ذلك لا زلت آمل أن يمن الله علينا بما يدخل الفرح على قلوبنا التي أضنتها المتاعب طويلاً (٤١)". ولماذا كانت تقوم على تمريضه والعناية به طيلة أسابيع مملة إذا كانت تعلم أنه كان سيقتل حتماً؟ "إن هذا الجزء من السر الكامن وراء ماري استيوارت. وفي مساء ٩ فبراير تركته لتشهد حفل زفاف إحدى وصيفاتها في هوليرود. وفي تلك الليلة حدث انفجار في بيت كيرك أوفيلد، وفي الصباح وجد دارنلي ميتاً في الحديقة.
وسلكت ماري في أول الأمر مسلك المرأة البريئة. فحزنت وولولت وأقسمت أن تثأر. وأمرت أن تجلل غرفتها بالسواد وأن يحجب عنها الضوء، وبقيت تعاني الظلام والوحدة. وأمرت بالتحقيق القضائي في الحادث، وأعلنت عن جائزة من المال والأرض لمن يدلي بأية معلومات تؤدي إلى القبض على الجناة. ولما ظهرت الإعلانات على الجدران في المدينة تتهم بوثول بالقتل، وكان بعضها يورط الملكة في الحادث، صدر بيان يهيب بموجهي الاتهام أن يتقدموا بأدلتهم، ويعد بحماية المبلغين ومكافأتهم، ورفض واضعو الإعلانات أن يظهروا، ولكن إرل لنوكس حث الملكة على تقديم بوثول للمحاكمة على الفور. وأيد بوثول هذا المطلب، وفي ١٢ أبريل مثل أمام المحققين. ولكن لنوكس لم يبرح جلاسجو، لأنه كان يعوزه دليل الاتهام، أو أنه كان يخشى جنود بوثول في العاصمة. وانتهى التحقيق إلى تبرئة بوثول، وأعلن البرلمان براءته رسمياً. وفي ١٩ أبريل أقنع آرجيل وهنتلي ومورتون واثني عشر نبيلاً آخرين بتوقيع "عهد آنسلي" يثبتون فيه ثقتهم ببراءته، ويتعهدون بالدفاع عنه، ويوافقون على زواجه من ماري التي أولت بوثول آنذاك عطفها وحبها علانية، وزادت على ما كانت قد أغدقت عليه من هدايا ثمينة.