عن أن نظرية كوبرنيكس كانت قد أثبتت. ولم ينزعج كبلر، وهو البروتستانتي الورع. وعاش لفترة قصيرة في بحبوحة من العيش وسط التهليل والتصفيق. وكان بصفة فلكي الإمبراطور، ومن بريطانيا النائية دعاه جيمس الأول (١٦٢٠) ليذهب إلى هناك ليزدان به البلاط الملكي ولكنه رفض الدعوة خشية أن يعاني من أن يصبح حبيساً في جزيرة (٧٥).
وشارك كبلر أهل زمانه في الإيمان بالسحر، واتهمت أمه بممارسته. وأدعى بعض الشهود أن ماشيتهم، بل أنهم هم أنفسهم، قد انتابتهم العلل لمجرد أن "فرو كبلر" قد مستهم، وأقسمت إحدى المشهدات على أن ابنتها البالغة من العمر ٨ سنوات قد أصابها سحر أم كبلر بالمرض، وهددت بقتل الساحرة إذا لم تبادر بإبراء البنت. وأنكرت المرأة المتهمة كل ما نسب إليها، ولكن قبض عليها وأودعت السجن مكبلة في الأغلال، ودافع عنها كبلر في كل مراحل نظر الدعوى. واقترح المدعي العام في الولاية أن ينتزع منها الاعتراف بالتعذيب، واقتيدت إلى غرفة التعذيب لترى الآلات المستخدمة فيه، ولكنها ظلت تؤكد براءتها. وأفرج عنها بعد أن قضت في السجن ثلاثة عشر شهراً. ولكنها ما لبثت أن ماتت (١٦٢٢).
إن هذه المأساة بالإضافة إلى آثار نشوب الحرب هنا وهناك، ملأت سبي كبلر الأخيرة بالغم والقتام. وفي ١٦٢٢ احتلت القوات الإمبراطورية مدينة لنز وقارب سكانها أن يهلكوا جوعاً. وفي وسط هذه الفوضى واصل كبلر صياغة أرصاده وملاحظاته، وأرصاد تيكو وغيره من الفلكيين وملاحظاتهم، وتدوينها في "الجداول الرودلفية" التي ضمت وصنفت ١٠٠٥ نجماً، وبقيت ذات قيمة معترف بها لمدة قرن من الزمان. وفي ١٦٢٦ انتقل إلى أولم. وأبطأ به راتبه الإمبراطوري ولاقى عنتاً شديداً في الإنفاق على أسرته. وأهاب بدوق والنشتين أن يعينه منجماً، فكان له ما أراد، وظل لعدة سنوات يتبع القائد يحسب له الطالع وينشر التقاويم التنجيمية. وقصد في ١٦٣٢ إلى رجنز برج يلتمس من الدير أن يدفع له رواتبه المتأخرة.