الأشراف المحيطون بالملكة بسجنه وعقابه، ولكن حين تبين لها أن جميع القوانين التي استنكرتها كان قد وقعها الملك السابق، قررت أنها لا تستطيع عقاب بومبال دون أن تلطخ أمام الناس ذكرى أبيها. وقبلت استقالة الوزير وسمحت له بالاعتزال في بومبال، ولكنها أمرته أم يلزمها وفي ٥ مارس غادر لشبونة في عربة خفيفة مستأجرة آملاً أن يفلت من أنظار الناس، ولكن بعضهم تبينه فحصبوا عربته ولكنه هرب منهم. ولحقت به امرأته عند مدينة أوبرس، وكان يومها في السابعة والسبعين.
والآن وقد غدا مواطناً عادياً تكاثر عليه الهجوم من كل صوب بدعاوى تطالبه بديون أغفل سدادها، وأضرار أوقعها بالشاكين، وممتلكات استولى عليها دون تعويض أصحابها تعويضاً كافياً. وحاصر المحضرون أبوابه في بومبال بسلسلة من الأوامر القضائية. كتب يقول "ما من دبور أو بعوضة في البرتغال إلا طار إلى هذه البقعة النائية وطناً في إذني". وساعدته الملكة بأن واصلت إجراء الراتب الذي كان يتقاضاه وزيراً عليه مدى الحياة وزادت عليه معاشاً متواضعاً. بيد أن أعداء لا حصر لهم ألحوا على الملكة في تقديمه للمحاكمة بتهمتي الانحراف والخيانة. وقد اتخذت إجراء وسطاً بسماحها للقضاة بأن يزوروه ويسألوه بأمر هذه التهمة. فظلوا يحققون معه ساعات كل مرة على مدى ثلاثة أشهر ونصف حتى التمس الدكتاتور العجوز الرحمة. وأجلت الملكة التصرف في تقرير الفحص، آملة أن يعفيها موت بومبال من هذا الحرج، وسعت في القوت نفسه إلى تهدئة خصومه بأن أمرت بإعادة محاكمة المتهمين الذين أدينوا بالاشتراك في محاولة اغتيال أبيها. وأيدت المحكمة الجديدة الحكم بذنب دوق أفيرو وثلاثة من خدمه، ولكنها برأت ساحة باقي المتهمين أجمعين وأعلنت براءة الطابوريين. وردت كل ألقابهم وممتلكاتهم للأحياء منهم (٣ إبريل ١٧٨١). وفي ١٦ أغسطس أصدرت الملكة مرسوماً يدين بومبال "مذنباً بجرائم شائنة" ويضيف قراراً بتركه آمناً في منفاه محتفظاً بثروته مادام قد ألتمس الصفح.