العامة على الباباوات، وحق كل كنيسة قومية في أن تحكم نفسها. ورأى الإمبراطور الشاب في ثروة الكنيسة النمساوية الموطدة الأركان عقبة كؤوداً في طريق التطور الاقتصادي، وفي سيطرة الكنيسة على التعليم، المعوق الأكبر لنضج العقل النمساوي. وفي يناير ١٧٧٠ كتب إلى شوازيل:
"أما عن خطتك للتخلص من اليسوعيين فأنا موافق عليها موافقة تامة … ولا تسرف في الاعتماد على أمي، فإن التعلق الوثيق باليسوعيين صفة موروثة في أسرة الهابسبورج … على أن لك صديقاً في كاونتز، وهو ينفذ ما يشاء من الإمبراطورة (٤٦) ".
ويبدو أن يوزف استعمل نفوذه في روما ليوصل كلمنت الرابع عشر إلى الخطوة النهائية، وقد أبهجه إلغاء البابا للطائفة ١٧٧٣ (٤٧).
ولو عرفت ماريا تريزا من خطابات ولدها مبلغ انحرافه إلى معسكر "الفلاسفة" لصعقت. لقد بذلت قصاراها لتمنع حل جمعية اليسوعيين، ولكن كاونتز أقنعها بالامتثال لرأي سائر الدول الكاثوليكية. كتبت إلى صديقة لها تقول "إنني مغمورة يائسة لما أصاب اليسوعيين. لقد أحببتهم وأكرمتهم طوال حياتي، ولم أرَ قط فيهم غير كل شيء بناء للروح (٤٨) ". وقد عطلت تنفيذ الأمر البابوي بتعيين لجنة لدراسة. وأتيح لليسوعيين النمساويين الوقت لنقل أموالهم ومقتنياتهم الغالية وأوراقهم من البلد. وصودرت أملاك اليسوعيين، ولكن الإمبراطورة حرصت على أن يلتقي أعضاء الطائفة المعاشات والثياب وشتى العطايا.
ووسع اغتباط يوزف الواضح بحل جماعة اليسوعيين الهوة بين الأم وولدها. ففي ديسمبر ١٧٧٣ انهار تحت وطأة التوتر وتوسل إليها أن تعفيه من كل مشاركة في شؤون الحكم. وأفزعها اقتراح مذهل كهذا، وكتبت إليه نداء مؤثراً للمصالحة:
"يجب أن أعترف بأن قدراتي، ووجهي، وسمعي، وحذقي-كلها