بروكسل وعقد عدة اجتماعات لمحاولة تحسين التجارة والإدارة والمالية والقضاء. وفي يناير ١٧٨١ عين أخته ماريا كرستين وزوجها ألبرت دوق ساكستشن حاكمين على الأراضي الواطئة النمساوية.
وأدرك الآن لأول مرة مبلغ التضارب بين إصلاحاته والالتزامات الموروثة التي تمتعت بها الطبقات العليا في هذا البلد التاريخي. فكان إقليم من أقاليمها مثلاً، وهو برابانت، يملك مرسوماً للحريات يرجع تاريخه إلى القرن الثالث عشر ويعرف بـ "المدخل البهيج". وكان يتوقع من كل حاكم يدخل بروكسل أن يقسم يمين الولاء لهذا المرسوم، وجاء في إحدى مواده إنه لو انتهك الحاكم أي مادة منه كان لرعاياه الفلمنكيين الحق في أن يمتنعوا عن أداء أي خدمة له وأن يرفضوا طاعته. وطالبت مادة أخرى الملك بأن يحافظ على الكنيسة الكاثوليكية، في جميع امتيازاتها وممتلكاتها وسلطاتها الراهنة، وأن يطبق جميع قرارات ترنت. وأشباه هذا الدستور كان يتعلق بها الأشراف والأكليروس في الأقاليم الأخرى. وعقد يوزف النية على ألا يسمح لهذه التقاليد بأن تتحدى إصلاحاته. وبعد أن قام بزيارة قصيرة لباريس (يوليو ١٧٨١) قفل إلى فيينا.
وفي نوفمبر بدأ يطبق مرسوم التسامح الديني على هذه الأقاليم. فجعل الأديرة البلجيكية مستقلة عن البابا، وأغلق عدداً منها وصادر إيراداتها. واحتج أساقفة بروكسل وأنتورب ومالبن، ولكن يوزف واصل مسيرته ففرض على "بلجيكا" لوائحه الخاصة بلوحات النذور والمواكب والطقوس الدينية. ثم سحب من الأساقفة حقهم في الإشراف على المدارس قائلاً "إن أبناء لاوي (أي الكهنة) ينبغي أن يكفوا عن احتكار عقول البشر"(٧٦). ثم ألغى الامتيازات الخاصة التي طالما تمتعت بها جامعة لوفان. وأنشأ هناك مدرسة لاهوتية جديدة محررة من السيطرة الأسقفية، وأمر بأن يدرس فيها كل طالب بلجيكي القسوسية خمس سنين (٧٧). وإذ كان تواقاً إلى تحسين حكومة الأقاليم، فقد أستبدل بالمجالس الإقليمية والمجالس الخاصة