بضرورة اتخاذ الإجراءات كلها لتجنب تدخل البريطانيين، لكن سوء الأحوال الجوية أخر إبحار بروي، وفي أثناء فترة التأخير هذه رسا بأسطوله في خليج أبي قير القريب، وهناك في ٣١ يوليو سنة ١٧٩٨ رآه نيلسون وهاجمه بسرعة.
وبدت القوتان البحريتان المتواجهتان متكافئتين: فالقوات البحرية الإنجليزية قوامها ١٤ سفينة حربية وسفينة بصاريين، والقوات البحرية الفرنسية قوامها ٣٠ سفينة حربية وأربع فرقاطات. لكن البحارة الفرنسيين كان الحنين إلى العودة إلى بلادهم قد ازداد ولم يكونوا متدربين بما فيه الكفاية، أما البحارة البريطانيون فقد كان البحر هو وطنهم الثاني ألفهم وألفوه، والآن فإن تنظيمهم (البريطانيين) الأكثر تفوقا وبراعتهم البحرية وشجاعتهم سادت طوال النهار والليل لأن المعركة الدامية استمرت حتى فجر الأول من أغسطس.
ففي الساعة العاشرة من يوم ١٣ يوليو انفجرت، سفينة القيادة (التي بها بروي) التي بها ١٢٠ بندقية، وقتل كل من كان على متنها تقريبا بمن فيهم اللواء بحري نفسه، وكان يبلغ من العمر خمسة وأربعين عاما. ولم تستطع الهروب سوى سفينتين فرنسيتين، وبلغت خسائر الفرنسيين ما يزيد على ١٧٥٠ قتيلاً و ١٥٠٠ جريح، أما خسائر البريطانيين فكانت ٢١٨ قتيلاً و ٦٧٢ جريحاً (بمن فيهم نيلسون). وهذه المعركة (أبوقير) بالإضافة إلى معركة الطرف الأغر Trafalgar (١٨٠٥) هما آخر محاولتين قامت بهما فرنسا النابليونية لتحدي السيادة الإنجليزية على البحار.
وعندما وصلت أخبار هذه النكسة الكاسحة إلى نابليون في القاهرة أيقن أن فتحه لمصر غدا بلا معنى. فالمغامرون المرافقون له قد أحيط بهم الآن برا وبحرا وما من سبيل لوصول العون الفرنسي إليهم، وأنهم سرعان ما سيصبحون تحت رحمة أهل البلاد المعادين، والبيئة غير المواتية ومن الأمور التي تذكر لهذا القائد الشاب، أنه وجد الوقت في ظروفه العصيبة هذه ليعزي أرملة اللواء البحري المتوفى في مصابها:
"القاهرة، ١٩ أغسطس ١٧٩٦
لقد قتل زوجك بطلقة مدفع بينما كان يحارب على سطح سفينته، لقد مات بشرف كما يتمنى أن يموت كل جندي. (ولم يعانِ زوجك حال وفاته).
إن أساكِ يؤثر في كثيرا. إنها لحظة قاسية عندما نفارق من نحب … وإذا لم يكن من