بطرد الفرنسيين من روما، سرعان ما محقه الفرنسيون باستعادة روما بقيادة جان - اتين شامبيون Jean-Etienne Championnet الذي دخل المدينة (روما) في ١٥ ديسمبر، وتراجع فرديناند بحاشيته مع لادي هاملتون Lady Hamilton وعشرين مليون دوكات إلى باليرمو في ظل حماية أسطول نلسون.
واستولى شامبيون على نابلي وأقام فيها الجمهورية البارثينوبية Parthenopean تحت حماية فرنسا. وكلما تقدمت الحرب كانت تنضم فرق عسكرية جديدة للقوات الروسية النمساوية الإنجليزية فوجد الفرنسيون أنفسهم أمام قوات تفوق قواتهم عددا (١٧٠،٠٠٠ مقاتل فرنسي مقابل ٣٢٠،٠٠٠ من قوات الحلفاء). وكان الجنرالات الفرنسيون - رغم براعة عمليات ماسينا Massena في سويسرا - تنقصهم قدرة بونابرت على هزيمة قوات أكثر عددا باستخدام استراتيجيات أكثر براعة وتكتيكات ونظم متقدمة.
لقد هزم جوردا Jourdan في ستوكاش Stockach (٢٥ مارس ١٧٩٩) وتراجع إلى ستراسبورج وتخلى عن منصب القائد. وهزم شيريه Scherer في ماجنانو Magnano (٥ أبريل) وانسحب بقواته بغير نظام ففقد قواته كلها تقريبا وتخلى عن منصبه تاركا إياه لمورو، عندئذ أقبل "شيطان الإنس" حقا الإكسندر سوفوروف Aleksandr Suvorov على رأس ثمانية عشر ألف روسي وقادهم مع بعض الفصائل النمساوية في معركة شرسة فاستعاد من الفرنسيين المناطق التي كان نابليون قد فتحها في عامي ١٧٩٦ و ١٧٩٧، منطقة إثر منطقة، ودخل ميلان منتصرا في ٢٧ أبريل فتراجع مورو Moreau إلى جنوا، وانتهت جمهورية سيزالبين Cisalpine النابليونية نهاية مبكرة. ولما وجد ماسينا نفسه وحيدا بجيش صغير في سويسرا تخلى عن فتوحاته هناك وانسحب إلى الراين.
ولما وجد سوفورف مدى سهولة استرجاع لومبارديا إلى حوزة النمسا انطلق من ميلان لمقابلة القوات الفرنسية القادمة من نابلي وروما وألحق بها الهزيمة في تريبيا Trebbia (١٧ - ١٩ يونيو ١٧٩٩) فلم يبق منها إلا بقايا وصلت جنوا. وبذا انتهت الجمهورية البارثينوبية نهاية مبكرة. واستعاد فرديناند عرشه وأقام حكم إرهاب، حكم في ظلاله بالإعدام على مئات الديمقراطيين.