وفي هذه الأثناء رفض الإمبراطور النمساوي هدنة أليساندريا وأرسل ثمانية آلاف مسلح بقيادة الجنرال فون بيليجارد Bellegarde ليُحكم قبضته على طول مينشيو، فأجاب الفرنسيون بطرد النمساويين من تسكانيا ومهاجمتهم في بافاريا. في ٣ ديسمبر سنة ١٨٠٠ هزمت القوات الفرنسية بقيادة مورو والبالغ عددها ٦٠،٠٠٠ مقاتل القوات النمساوية البالغ عددها ٦٥،٠٠٠ في هوهنليندن Hohenlinden بالقرب من ميونخ، هزيمة منكرة وأسرت ٢٥،٠٠٠ نمساوي حتى أن الحكومة النمساوية وقد أدركت أن عاصمتها فيينا باتت تحت رحمة مورو، اضطرت لتوقيع هدنة شاملة في ٢٥ ديسمبر سنة ١٨٠٠ ووافقت على الدخول في مفاوضات مع الحكومة الفرنسية للوصول إلى سلام مُنفصل (منفرد) بعيداً عن القوى الأوروبية الأخرى المناوئة لفرنسا. وعند عودة مورو إلى باريس لاقى استقبالا حافلاً وهتافات مدوية بدرجة ربما أثارت بعض المشاعر المضادة لدى نابليون، لأن مورو كان أثيراً لدى الملكيين واليعاقبة على سواء وكانوا يفضلون أن يكون رأساً للدولة.
واستمرت المؤامرات ضد حياة نابليون لا تنتهي، ففي بواكير سنة ١٨٠٠، تم العثور على صندوق نشوق يُشبه صندوق النشوق الذي اعتاد القنصل الأول على استخدامه، في درج مكتبه في مالميزون Malmaison، وكان هذا الصندوق يحوي سماً مخلوطاً بالنشوق. وفي ١٤ سبتمبر و ١٠ أكتوبر تم القبض على عدد من اليعاقبة المشتركين في مؤامرة لقتل نابليون. وفي ٢٤ ديسمبر قاد ثلاثة من الثوار الملكيين - أرسلهم جورج كادودال Cadoudal من بريطانيا - آلة مفخخة محملة بالمتفجرات واقتحموا بها الجموع التي كانت تحمل نابليون وأسرته إلى دار الأوبرا، فقتلوا اثنين وعشرين شخصا وجرحوا ستة وخمسين ولم يُصب نابليون ولا أحد من حاشيته، وواصل نابليون طريقه إلى الأوبرا بهدوء ظاهر لكنه أمر عند عودته لقصر التوليري بإجراء تحريات دقيقة وبإعدام اليعاقبة المسجونين بالإضافة إلى نفي أو اعتقال ١٣٠ آخرين، كانوا موضع شك، أما فوشيه الذي كان يعتقد أن الملكيين - وليس اليعاقبة - هم المجرمون فقد اعتقال مائة منهم وأرسل للمقصلة اثنين في أول أبريل سنة ١٨٠١. لقد تجاوز نابليون القانون وتخطاه، لكنه كان يشعر أنه يخوض حربا