وبعث مجلس السيادة إلى البابا إسكندر بأنباء التحكيم الإلهي والقبض على الرهبان، ورجاه أن يعفو عما وقع على أحد رجال الدين من عنف، وطلب إليه أن يأذن بتقديم المسجونين إلى المحاكمة، وأن يعذبا إذا استدعى الأمر تعذيبهم. وطلب البابا أن يرسل الرهبان الثلاثة إلى روما ليحاكموا أمام محكمة كنسية؛ فرفض مجلس السيادة هذا الطلب، ولم يسع البابا إلا أن يقنع بأن يشترك مندوبان بابويان في محاكمة المتهمين (٣٤). وكان مجلس السيادة يصر على إعدام سفنرولا، وذلك لاعتقاده أن حزبه سيبقى قائماً ما دام هو حياً؛ وأن موته هو الذي يرأب الصدع الذي قسم المدينة والحكومة على نفسيهما حتى اصبح مع فرنسا عديم القيمة لا تخشاه أية دولة أجنبية، وأضحت فلورنس بسبب ذلك مُعششا للمؤامرات الأجنبية في الداخل ومعرضة للغزو من الخارج.
وجرى المحققون على الشريعة التي سنتها محكمة للتفتيش، فأخذوا يعذبون الرهبان الثلاثة عدة مرات بين اليوم التاسع من أبريل واليوم الثاني والعشرين من مايو. وانهار سلفسترو على الفور، ولم يتردد في أن يجيب المحققين إلى كل ما رغبوا فيه حتى كانت اعترافاته عديمة القيمة بسبب الإفراط في يسرها. أما دمنيكو فقد ظل يقاوم؛ حتى النهاية وحتى بعد أن عذب عذاباً كاد ان يؤدي به إلى الموت ظل يجهر بأن سفنرولا قديس لا تشوبه شائبة من خداع أو إثم. وتوترت أعصاب سفنرولا وخارت قوله فلم يلبث أن انهار تحت ضغط التعذيب، وأدلى المحققين بكل ما أوحوا إليه به. فلما أفاق أنكر ما اعترف به، فعذب وعاد إلى الخضوع. ولما تكرر عذابه للمرة الثالثة تحطمت روحه وأمضى اعترافا مهوشاً بأنه لم يتلق وحياً إلهياً، وأنه آثم في كبريائه وأطماعه، وأنه حث قوى أجنبية زمنية على أن تعقد مجلساً عاماً للكنيسة، وأنه دبر مؤامرة لخلع البابا. وأدين الرهبان الثلاثة بأنهم منشقون خارجون على الدين، وأنهم أذاعوا أسرار الاعترافات؛ وادعوا