أعلنت أت للمجالس العامة السلطة العليا وأصدرت قرار بورج التنظيمي (١٤٣٨) الذي ينص على أن الوظائف الدينية ستشغل من ذلك الوقت بمن يختاره لها رجال الدين المحليون، على أنه يجوز للملك أن "يوصي" في ذلك بما يراه، وأن يحرم رفع الاستئناف إلى المحكمة البابوية إلا إذا استنفذت جميع الطرق القضائية في فرنسا نفسها، ولا ترسل بعدئذ بواكير مرتبات الوظائف الدينية إلى البابا. وكان معنى هذا في الواقع أن القرار التنظيمي قد أنشأ كنيسة فرنسية مستقلة وجعل ملك فرنسا رئيس هذه الكنيسة. وبعد عام من ذلك الوقت اتخذت جمعية منيز قرارات تهدف إلى إقامة كنيسة قومية في ألمانيا شبيهة بالكنيسة الفرنسية. وكانت بوهيميا قد انفصلت من قبل عن البابوية ولاح أن الكنيسة الرومانية توشك أن تنهار.
وأنقذ الأتراك يوجينيوس من هذا الموقف الحرج. ذلك أنه لما قرب العثمانيون من القسطنطينية قررت الحكومة البيزنطية أن عاصمة الدولة خليقة بقداس روماني، وأن عودة المذهبين اليوناني واللاتيني إلى الاتحاد ضرورة لا بد منها للحصول على المعونة العسكرية أو المالية من أوربا الغربية. ولهذا جاء الأساقفة والنبلاء اليونان في مواكب فخمة إلى فيرارا ثم انتقلوا إلى فلورنس ليلتقوا برجال الكنيسة الرومانية الذين استدعاهم البابا لهذا الغرض (١٤٣٨). وقضى الطرفان في الأخذ والرد عاماً كاملاً وصلا بعده إلى اتفاق اعترفت فيه بسلطة الرئيس الديني في روما على جميع العالم المسيحي، ولما حل اليوم السادس من شهر يوليو عام ١٤٣٩ ركع جميع أعضاء المؤتمر وعلى رأسهم إمبراطور الروم نفسه أمام يوجينيوس الذي خيل إلى العالم منذ وقت قريب أته الرجل الذي نبذته المسيحية واحتقرته أشد احتقار، على أن هذا الاتفاق لم يطل عهده لأن رجال الدين اليونان وغير رجال الدين في تلك البلاد نكثوا عهدهم، لكنه مع هذا أعاد للبابوية مكانتها وساعد على القضاء على الانقسام البابوي الجديد وعلى مجلس بازل.