وسيطر فرديناند على كل شئ إلا الزمن. وغاضت ينابيع الإرادة والنشاط فيه شيئاً فشيئاً. وطالت فترات راحته. وأصابه الإنهاك مبكراً، فأهمل شئون الحكومة، وأصبح نافذ الصبر قلقاً، سيئ الظن إلى حد المرض بأوفى خدامه له. وأضناه الأستسقاء والربو، وتعذر عليه التنفس في المدن ففر في يناير عام ١٥١٦ جنوبا إلى الأندلس، آملاً أن يقضي الشتاء في ريفه الطلق. ولكنه مرض في الطريق، وأقنع آخر الأمر بأن يتأهب للموت. فعين أكسيمينيس ليكون نائب الملك على قشتالة، كما عين ابنه غير الشرعي كبير أساقفة سرقسطة، نائب الملك على أرجون. وبات في الثالث والعشرين من يناير عام ١٥١٦ في السنة الرابعة والستين من عمره، والثانية والأربعين من حكمه.
ولا غرابة في أن يمتدحه ميكافلي: كان هنا ملك قام بدور الأمير قبل أن يفكر مؤلفه في كتابته. فقد جعل فرديناند من الدين أداة للسياسة القومية والحربية، وغمر وثائقه بعبارات التقوى ولكنه لم يسمح لاعتبارات الأخلاق قط أن يتغلب على مقاصد الضرورة أو الغنم. ولا يستطيع أحد أن يشك في قدرته وكفاءته في الإشراف على الحكومة، واختياره الفطن لوزرائه وقواده ونجاحه المستمر في الدبلوماسية والاضطهاد والحرب. أما من الناحية الشخصية فلم يكن جشعاً ولا مبذراً، وكانت شهرته تنزع إلى تحقيق السلطة أكثر من تحقيق الترف، وكان جشعه من أجل بلاده، يريدها موحدة قوية. ولم يؤمن بالديمقراطية، وتضاءلت في كنفه الحريات المحلية وماتت وكان مقتنعاً بأن النظم الإقليمية القديمة لا يمكن التوسع فيها بنجاح أمة تضم ولايات وعقائد ولغات جد كثيرة. وكان عمله وإيزابلا معه أن يحل الملكية محل الفوضى والقوة محل الضعف ومهد الطريق لشارل الخامس أن يحتفظ بالسيادة الملكية على الرغم من فترات غيبته الطويلة، كما مهد الطريق لفيليب الثاني ليركز الحكومة كلها في رأس واحد