وقال: لا تكتبوا، فإنا لم نكتب احفظوا بقلوبكم؛ فكنا إذا قمنا من عنده تراجعنا حديثه الفقه.
قال عبد الله بن عطاء: ما رأيت العلماء عند أحدٍ أصغر علماً منهم عند أبي جعفر، لقد رأيت الحكم عنده كأنه متعلم.
دخل هشام بن عبد الملك بن مروان المسجد الحرام متوكئاً على مولاه سالم فنظر إلى محمد بن علي بن الحسين، وقد أحدق الناس به حتى خلا الطواف فقال: من هذا؟ فقيل له: محمد بن علي بن الحسين وفي آخر بمعناه فقال: هذا المفتون به أهل العراق؟ قال: نعم فأرسل إليه فقال: أخبرني عن يوم القيامة ما يأكل الناس فيه وما يشربون؟ فقال محمد بن علي للرسول: قل له: يحشرون على مثل قرصة النقي فيها أنهارٌ تفجر؛ فأبلغ ذلك هشاماً فرأى هشام أن قد ظفر به فقال: قل له: ما أشغلهم يومئذ عن الأكل والشرب؛ فأبلغه الرسول فقال محمد بن علي: قل له: هم والله في النار أشغل، وما شغلهم عن أن قالوا:" أفيضوا علينا من الماء أو مما رزقكم الله " قال: وظهر عليه محمد بن علي.
وعن سلمة بن كهيل: في قوله: " لآياتٍ للمتوسمين " قال: كان أبو جعفر منهم.
قال عبد الله بن يحيى البزار: رأيت على أبي جعفر محمد بن علي إزاراً أصفر، وكان يصلي كل يومٍ وليلة خمسين ركعةً بالمكتوبة.