وينقسم الرفاعيون إلى شطرين، أحدهما في الشمال والآخر في الجنوب.
وقد استقر الشماليون في قرى يشاركهم في كثير منها أعداد غير قليلة من عناصر غريبة عنهم، بينما ظلت هناك قرى أخرى كثيرة تقتصر على الرفاعيين، وهم يمارسون الأنشطة المستقرة كالزراعة والتجارة، أما الجنوبيون فتغلب عليهم حياة البداوة، وكثيرا ما يغلب عليهم اسم (جُهَيْنة) وليس (رفاعة) وينقسم هؤلاء الجنوبيون من حيث مواطنهم إلى شعبتين:
الأولى رفاعة الشرق، ويقيمون شرقي النيل الأزرق. والثانية رفاعة الغرب.
ويطلق على كلّ من هاتين الشعبتين اسم الأسرة التي ظلت تحكمها زمنًا طويلًا، فيقال للأولى (ناس أبي جن) وللأخرى (ناس أبي روف).
وتضم رفاعة بصفة عامة أربع عشرة قبيلة صغرى مثل القواسمة والعركيين والطوال والهلالية وبني حسن وبني حسين وجهينة، وتعيش القبيلة الأخيرة التي تحتفظ باسم (جُهَيْنة) في الجنوب الغربي من البطانة، بالقرب من المجرى الأسفل النهر رهد.
وقد تفرعت من القواسمة قبيلة أخرى (لعبد للأب) وقد تركز أبناؤه حول حلفاية الملوك والخرطوم بحري، ووزعت جماعات منها على ضفاف النيل الأزرق بين رفاعة والخرطوم، حيث تحترف الزراعة والرعي، وتنتسب (العبد للأب) إلى رجل يُدعى "عبد الله جماع" الذي أسهم في القضاء على مملكة (سوبة) وتأسيس مملكة (سفار) وكان العضد الأكبر لتلك المملكة في الإقليم الشمالي، وكان أصله من قرى شرقي خانق سبلوقة وظلت قرى عاصمة له ولخلفائه مدة من الزمن، ثم انتقل مقرهم إلى حلفاية الملوك وظلت أسرته تتوارث الحكم في مملكة سنار، وكان اللقب الرسمي لأمراء العبد للأب (منجل).
ولم يكن العبد للأب مجرد زعماء للشعبة الشمالية من رفاعة، بل كانوا كذلك حكامًا إقليميين، ولهم السلطة الكاملة على جميع القبائل التي تعيش في الشطر الشمالي وملكة سنار.