اختلف في نسب هذه القبيلة من قبل المؤرخين القدامى فمن قائل أنها من جُذام، ومن يرى أنها من طيئ، وقد أيد الجاسر الرأي الأخير كما سيأتي بيانه.
[ما قيل عن بني صخر من المؤرخين والنسابين]
[أولا: ما ذكره محمد الحقيل في كنز الأنساب عن قبيلة بني صخر]
قال: قال علماء النسب هي بطن من جذإم (القحطانية) مساكنهم في بلاد الكرك في الشام. وقال الحمداني: وهم الدعجيون والعطويون والصوتيون وهم أحلاف آل فضل من عرب الشام، وفيهم جماعة بمصر ويوجد بطن من بني صخر في طيئ من القحطانيين أيضًا منازلهم ما بين تيماء وخيبر والشام، وصخر أيضًا في الأوس وهم بنو عبد الأشهل من جشم بن الخزرج.
وقد سجل بنو صخر أحداث نزاعات عديدة مع القبائل الأخرى حيث شغلوا حَيزًا غير قليل في تاريخ عشائر الأردن، وهم فخذان كبيران: الطوقة، والكعابنة. فمن فروع الفخذ الأول: الغميق والخضير والعفل.
ومن فروع الفخذ الثاني: الخرشان والجبور.
وزعامة الطوقة لابن الفايز، وفي الكعابنة لبني محمد. ومن قبيلة بني صخر عائلات من حاضرة نجد بالمملكة العربية السعودية منهم التالي:
١ - آل ضويان -بالضاد المعجمة- ومنهم الشيخ إبراهيم بن ضويان شارح الدليل في الفقه وهم من آل زهير المنتسبين إلى بني صخر في القصيم.