تزوج موسى الجون من أم سلمة بنت محمد بن طلحة بن عبد الرحمن بن أبي بكر -رضي اللَّه عنه- وهي من عمود نسبها يتضح أنها حفيدة خليفة رسول اللَّه صلى اللَّه عليه وعلى آله وسلم سيدنا أبو بكر الصديق رضي اللَّه تعالى عنه.
أولاده (١):
أنجب موسى الجون من زوجته ذرية طيبة مباركة علوية هاشمية تعرف الحق وتدعمه وتنهى عن المنكر.
فلقد أنجب اثنى عشر ولدًا منهم تسع بنات وهن:
زينب: تزوجت محمد بن جعفر الجعفري.
وفاطمة: تزوجت ابن أخي المنصور العباسي.
وأم كلثوم: تزوجت ابن أخي المنصور كذلك.
ورقية: تزوجت إسماعيل بن جعفر الجعفري.
وخديجة وصفية وأم الحسن أمهن طلحة ومليكة وقد تزوجن بأبناء أعمامهن.