بفضل استباب السلم والاستقرار الذي عاشته إمارة البحرين آنذاك. وفي عهده تم توقيع إتفاقية الثاني والعشرين من ديسمبر عام ١٨٨٠ م، ثم اتفاقية أخرى في مارس عام ١٨٩٢ م، مع بريطانيا وذلك للأغراض الدفاعية. كما تأسست في عهده دائرة البلدية في المنامة حيث ترأسها نجله الشيخ عبد اللَّه بن عيسى عام ١٣٢٨ هـ، الموافق ١٩١١ م وبعد عام تولاها ولي العهد الشيخ حمد بن عيسى. وفي عام ١٩٢٠ م قامت الحكومة البريطانية بافتتاح فرع الأول بنك في الخليج وهو البنك الشرقي. دام حكم الشيخ عيسى بن علي ٤٥ عامًا ليتنازل بعدها لأكبر أبنائه وهو الشيخ حمد بن عيسى في مايو ١٩٢٣ م. توفي الشيخ عيسى بن علي في فترة حكم ولده الشيخ حمد عام ١٣٥١ هـ الموافق ١٩٣٢ م.
ومن ذرية الشيخ عيسى بن علي: سلمان من مواليد ١٨٧١ م، والذي عينه والده خليفة له حوالي عام ١٨٩٠ م، توفي رحمه اللَّه بالقرب من الرياض عند عودته من مكة المكرمة عام ١٨٩٣ م، وحمد من مواليد ١٨٧٤ م، والذي عينته الحكومة البريطانية في الهند خلفًا لوالده عام ١٩٠١ م، وراشد توفي بالمرض عام ١٩٠٢ م ولا عقب له، ومحمد من مواليد ١٨٧٧ م، وعبد اللَّه من مواليد ١٨٨٠ م.
ومن ذرية سلمان بن عيسى بن علي بن خليفة: خليفة من مواليد ١٨٩٣ م. ومن خليفة بن سلمان: عبد اللَّه، سلمان، وراشد، وعيسي، ومحمد؛ ومن عبد اللَّه بن خليفة بن سلمان: محمد، وخليفة، ومبارك؛ ومن راشد بن خليفة بن سلمان: علي، ومنه: عيسى، وخليفة، ومحمد؛ ومن عيسى بن خليفة بن سلمان: سلمان، وخليفة، وأحمد، وحسام؛ ومن حسام بن عيسى: دعيج؛ ومن محمد بن خليفة بن سلمان: علي، وخليفة.
ومن ذرية محمد بن عيسى بن علي بن خليفة: علي من مواليد ١٨٩٩ م، وأحمد من مواليد ١٨٩٩ م، وراشد من مواليد ١٩٠٤ م، وحمد، وعيسي، وعبد العزيز، وإبراهيم، وخليفة؛ ومن ذرية علي بن محمد بن عيسى: حسن، وخالد، وسلمان؛ ومن حسن بن علي بن محمد: خليفة، وراشد؛ ومن راشد بن حسن بن علي: سلمان، وحسن، ومن ذرية أحمد بن محمد بن عيسى: عبد اللَّه، وعيسي، وحمد، وسلمان؛ ومن عبد اللَّه بن أحمد بن محمد: راشد، ومنه: