وظلت جُهَيْنة القديمة، أي (جُهَيْنة الغربية) قرية تابعة لمركز طهطا بمديرية جرجا التي عُرفت بعد ذلك باسم مديرية سوهاج وهي محافظة سوهاج الآن حتى تكاثر عدد سكانها، واتسع نطاقها العمراني فاتخذت في سنة ١٩٦٣ م قاعدة لمركز جديد بهذه المحافظة أطلق عليه (مركز جُهَيْنة) ويضم القرى الآتية فضلًا من مركز طهطا:
١ - جُهَيْنة الغربية.
٢ - جُهَيْنة الشرقية.
٣ - نزة.
٤ - نجوع البوص.
٥ - الحرافشة.
٦ - نزة الحاجر.
٧ - نزة المخرمين.
٨ - الطليحات.
٩ - عنيبس.
١٠ - نزلة علي.
ثانيًا - محافظة الشرقية:
ومن القرى التي يضمها مركز فاقوس بمحافظة الشرقية قريتا (دوار جُهَيْنة، وجهينة البحرية).
وقد تكونت أولى هاتين القريتين قبل الأخرى وكانت تدعى قبل ذلك باسم (لبينة) أو (لبيني) ثم اتسع نطاق التجمع السكاني لجهينة في نطاق تلك القرية فعدل اسمها إلى (دوار جُهَيْنة) والدوار في التعبير المصري يعني المكان الذي يُتخذ مقرها لعمدة القرية أو القبيلة، ويباشر مسئولياته الإدارية فيه.
كما تكونت في نطاق هذا المركز أيضًا قرية (جُهَيْنة البحرية) أي الشمالية.