الشيخ خليفة بن محمد هو الشيخ خليفة بن محمد بن خليفة بن محمد بن فيصل الذي تولى المشيخة بعد والده، وكان تقيًا ورعًا وأديبًا. وفي أواخر عام ١١٩٦ هـ الموافق ١٧٨٢ م، أناب الشيخ خليفة أخاه الشيخ أحمد وذلك لتأدية فريضة الحج، وهناك وافته المنية بعد أن أدى الفريضة، ليتولى أخوه أحمد زمام الأمور.
ومن ذرية الشيخ خليفة بن محمد بن خليفة بن فيصل: عبد اللَّه، ومنه: عبد الوهاب، ومحمد، وعبد اللطيف، وخليفة. فمن عبد الوهاب بن عبد اللَّه: محمد، وعبد اللَّه؛ ومن محمد بن عبد الوهاب بن عبد اللَّه: خليفة، ومنه: محمد، وعبد الوهاب؛ ومن عبد الوهاب بن خليفة بن محمد: علي، ومحمد، وأحمد، وخليفة؛ ومن محمد بن عبد الوهاب بن خليفة: عبد الوهاب، وخليفة؛ ومن خليفة بن عبد الوهاب بن خليفة: عبد اللَّه، وأحمد. ومن ذرية عبد اللَّه بن محمد بن عبد الوهاب بن عبد اللَّه بن خليفة: محمد، وأحمد، وخليفة؛ ومن أحمد بن عبد اللَّه: عبد اللَّه؛ ومن خليفة بن عبد اللَّه، عبد اللَّه. ومن ذرية محمد بن عبد اللَّه بن خليفة بن محمد بن خليفة بن محمد بن فيصل: خليفة، ومنه: أحمد، وإبراهيم؛ ومن إبراهيم بن خليفة بن محمد: عبد اللَّه، وصقر، وناصر. ومن ذرية عبد اللطيف بن عبد اللَّه بن خليفة بن محمد بن خليفة بن محمد بن فيصل: عبد الرحمن، ومنه: خليفة بن عبد الرحمن. ومن ذرية خليفة ابن عبد اللَّه بن خليفة بن محمد بن خليفة بن محمد بن فيصل: أحمد، ومحمد؛ ومن محمد بن خليفة: خليفة، ومنه: عبد اللَّه بن خليفة بن محمد.
الشيخ أحمد الفاتح بن محمد هو الشيخ أحمد بن محمد بن خليفة بن محمد بن فيصل، الذي تولى الحكم بعد وفاة أخيه عام ١١٩٧ هـ الموافق ١٧٨٣ م. ويعتبر الشيخ أحمد الحاكم الأول لإمارة البحرين، حيث اتخذها مقرا له عام ١٧٨٣ م، وجعل قلعة الديوان مقر حكمه وهي في جنوب المنامة، كما قام الشيخ بتأمين البحرين وتحصينها ليأمن شر أعدائه ومنافسيه. توفي رحمه اللَّه عام ١٢٠٩ هـ الموافق ١٧٩٤ م، وقيل ١٧٩٦ م، وله من الولد: سلمان ويوسف ومحمد وعبد اللَّه.