وكثير من الأمة فى إحضاره للقاهرة وتعيينه فى رتبة أعلى مما كان عليه فلم يقبل ولم تسمح كبار الرهبنة بتركه إياهم.
ولما توفى سلفه أقامت الأمة-باسئذان الحكومة السنية-/جناب المطران مرقس مطران البحيرة ووكيل إسكندرية وكيلا لأجل عدم توقيف حركة إدارة الدار البطريركية فجعلت ألحاظ الجميع تتوجه نحو الأغومانس يوحنا المذكور وأصوات الانتخاب صارت تترادف عليه، ولولا ما حصل من الأسباب الاعتيادية والأعراض الشخصية التى نشأ عنها خلو المنصب البطريركى من الرئيس أربع سنوات وتسعة أشهر لأحضر وقلّد حالا ولم ينتخب الجمهور لهذه الرتبة سواه ولم يكن ثمّ باعث يمنع تقليده.
وكانت الأمة رتبت لها مجلسا مليا يتعاطى تدبير أمورها الخصوصية وتأيد مجلسها هذا بأمر عال كريم؛ فبعد ترتيبه بسنة التسمت الأمة بواسطة مجلسها من مقام الخديوية السنية إحضاره بمساعدة الحكم برسمه بطريركا فتم ذلك وأحضر للقاهرة فى ١٦ بابة سنة ١٥٩١.
وبعد العرض للأعتاب السنية الإسماعيلية بحضوره ورضا الجمهور عن شخصه دون غيره صدر الأمر الكريم برسمه، وقد تم ذلك ليلة الأحد ٢٣ بابة سنة ١٥٩١ الموافق سنة ١٨٧٥ باحتفال عجيب مشرف بالذوات الأجلاء الكرام وأمراء الوطن الفخام والرؤساء الأكليريكين، وجميع أصحاب الرتب الروحانية وجمهور عظيم من الملة القبطية الأرثدوكسية وغيرها فى الكنيسة الكبرى البطريركية بالأزبكية وتم ارتسامه على أحسن نظام وأكمله.
وفى ثانى يوم من بطريركيته زار الجناب العالى الداورى والأنجال الكرام، والذوات الفخام واستمر ثلاثة أيام فى مركزه البطريركى يقبل تهانى الأمة والمتحابين من رجال الوقت.
هذا وقد أجرى حال قبوله التهانى رسوم التشكرات والدعوات المبرورات بحفظ بقاء الذات العلية الخديوية وبعد استتمام الرسوم المعتادة الملية شرع يتعاطى واجبات رياسته الروحية داعيا للجناب الخديوى بدوام العز والإقبال وحفظ جميع الأنجال.