توفى إلى رحمة الله تعالى عام نيف وتسعين ومائتين وألف بالمحروسة، ودفن بالقرافة الكبرى فى بستان العلماء، وقد أعقب ابنين جليلين غير الإناث، لازما الأزهر مدة واقتبسا من معارف والدهما، فكانا على غاية من المعارف والأدبيات ومحاسن الشيم مع الكرم الزائد كوالدهما، وأحدهما وهو (على بيك فهمى)، أنعم عليه بالرتبة الثانية أعنى رتبة بيك، وكان قد تقلد وكالة نظارة المعارف العمومية المصرية، وقد أكمل ما تركه والده من التاريخ على أسلوبه، وله اقتدار على النثر والنظم البليغين، فينشئ على الإرتجال من غير تكلف على أسلوب والده، وتلوح عليه أمارات الترقى إلى رتبة والده، وأما ابنه الآخر وهو (بدوى بيك) فمقيم بطهطا فى ملاحظة دائرتهم التى هناك، مع إدامة مطالعة العلوم.
ومنها جملة من مستخدمى الميرى أرباب الرتب فى مصر وغيرها، مثل أحمد بك عبيد أحد قضاة مجلس الحقانية سابقا، وعبد الجليل بك أحد رجال المعية الخديوية سابقا، وجميعهم سبب نعمتهم السيد رفاعة بك، فإنه أدخلهم المكاتب أول إنشائها، ثم أدخلهم المدارس فتربوا بها، وسافر أحمد بك عبيد إلى بلاد أوروبا مرارا.
[(ترجمة)[السيد أحمد الطهطاوى محشى الدر]]
وممن نجب منها الإمام الهمام السيد الطهطاوى محشى الدر المختار، وقد ترجمه الجبرتى فقال: «هو الإمام العلامة والحبر الفهامة، السيد أحمد الطحطاوى ابن محمد بن إسمعيل، من ذرية السيد محمد الدوفاطى الطحطاوى الحنفى، والده رومى حضر إلى مصر متقلدا القضاء بطحطا، بلدة بالقرب من سيوط بالصعيد الأدنى، تزوج بامرأة شريفة فولد له منها المترجم، وأخوه السيد إسمعيل، ولم يزل مستوطنا بها إلى أن مات وترك المترجم وأخاه وأختا لهما، حضر المترجم إلى مصر فى سنة إحدى وثمانين ومائة وألف بعد