وأصيب بالطاعون فى شهر شعبان، وذلك أنه صلى الجمعة فى مسجد الكردى المواجه لداره، فطعن بعد ما فرغ من الصلاة ودخل إلى البيت، واعتقل لسانه تلك الليلة، وتوفى فى يوم الأحد، ودفن فى قبر أعده لنفسه بجانب زوجته بالمشهد المعروف بالسيدة رقية.
ومن مؤلفاته خلاف شرح القاموس وشرح الأحياء كتاب الجواهر المنيفة فى أصول أدلة مذهب الإمام أبى حنيفة-﵁-مما وافق فيه الأئمة الستة، وهو كتاب نفيس، حافل، رتبه ترتيب كتب الحديث من تقديم ما روى عنه فى الاعتقاديات، ثم فى العمليات ترتيب كتب الفقه، والعقد الثمين فى طرق الإلباس والتلقين، وحكمة الإشراق إلى كتاب الآفاق، وإعلام الأعلام بمناسك حج بيت الله الحرام، ورشف سلاف الرحيق فى نسب حضرة الصديق، والقول المثبوت فى تحقيق لفظ التابوت، ومنح الفيوضات الوفية فيما فى سورة الرحمن من أسرار الصفة الإلهية، وجزء فى حديث نعم الإدام الخل، وتفسير على سورة يونس مستقل على لسان القوم، وحديقة الصفا فى والدى المصطفى، ورسالة فى طبقات الحفاظ، والمنح العلية فى الطريقة النقشبندية، والانتصار لوالدى النبى المختار، وألفية السند ومناقب أصحاب الحديث، وكشف اللثام عن آداب الإيمان والإسلام، ورفع الشكوى لعالم السر والنجوى، وترويح القلوب بذكر ملوك بنى أيوب، وغير ذلك مؤلفات كثيرة، ذكرها الجبرتى فى ترجمته فلتراجع.