وفى كتاب المزارات للسخاوى: أن نظر المشهد النفيسى صار للخلفاء العباسية، وأول من تولى النظر عليه المعتضد بالله أبو الفتح أبو بكر بن المستكفى بالله بتوقيع سلطانى من السلطان الناصر حسن سنة اثنتين وخمسين وسبعمائة.
وفى تاريخ الجبرتى: أن الأمير عبد الرحمن كتخدا عمر المشهد النفيسى ومسجده وبنى الضريح على هذه الهيئة الموجودة، وجعل لزيارة النساء طريقا بخلاف طريق الرجال، وذلك فى سنة ثلاث وسبعين ومائه وألف.
وقال فى ترجمة الشيخ محمد بن إسماعيل النفراوى المالكى: أنه لما جدد الأمير عبد الرحمن كتخدا المشهد النفيسى عمل أبياتا منها بيتان كتبا على باب الضريح بالذهب على الرخام وهما:
عرش الحقائق مهبط الأسرار … قبر النفيسة بنت ذى الأنوار
حسن بن زيد بن الحسن نجل الإما … م على ابن عم المصطفى المختار
ومنها ما كتبه على باب القبة:
عبد رحمن لعفو قد ترجى … قد بناها روضة للزائرين
فلذا أرختها يا زائريها … ادخلوها بسلام آمنين
ويدخل إلى هذا الجامع من طرقة طويلة مفروشة بالحجر المنحوت بعد النزول من نحو ثلاثة سلالم، وعن يمين الداخل فى تلك الطرقة مطهرة الجامع من ميضأة ومرافق ومصنع وبجوارها مكتب جدد فى زمن نظارة المرحوم أدهم باشا، وعن اليمين والشمال عدة خلا وللصوفية وفى نهايتها بابان: أحدهما يدخل منه إلى الضريح ومن الآخر إلى الجامع.
والباب الذى إلى الضريح يدخل منه إلى طرقة مفروشة بالرخام الأبيض بها نحو الأربعة سلالم وزيادة، وعن شمال الداخل منها سبيل وجهه من الرخام عليه كيزان من النحاس الأصفر، وعن اليمين بقرب نهايتها المشهد الشريف له باب من الرخام والقيشانى ويكتنفه عمودان صغيران من حجر السماق وحائط القبة من الأسفل مكسو بالرخام والقيشانى نحو ثلثى قامة، وفى أعلاها آيات قرآنية وفيها قبلة بالرخام والقيشانى وأخرى من الخشب، وعلى البرزخ الشريف مقصورة من النحاس الأصفر المتين وبجوار باب المشهد من الخارج إيوان يجلس عليه القراء فى ليلة الحضرة فيه قبلة