وفى سنة أربع وتسعين ومائتين، أمر عيسى النوشرى فى ولايته الثانية بإغلاقه فيما بين الصلوات، فضج أهل المسجد ففتح لهم.
وفى سنة ست وثلاثين وثلاثمائة، تولى أبو حفص العباسى نظر قضاء مصر، فزاد الغرفة التى يؤذن فيها المؤذنون فى السطح، ثم زاد فيه أبو بكر محمد بن عبد الله الخازن رواقا واحدا من دار الضرب، وهو الرواق ذو المحراب والشباكين المتصل برحبة الحرث ومقداره تسعة أذرع، وكان ابتداء ذلك فى رجب سنة سبع وخمسين وثلاثمائة ومات قبل تمام هذه الزيادة، وتممها ابنه على بن محمد وفرغت فى العشر الأخير من رمضان سنة ثمان وخمسين وثلاثمائة.
وفى سنة ثمان وسبعين وثلاثمائة، زاد فيه الوزير أبو الفرج يعقوب بن يوسف بن كلس بأمر العزيز بالله الفوارة التى تحت قبة بيت المال، وهو أول من عمل فيه فوارة، وزاد فيه أيضا مساقف الخشب المحيطة بها ونصب فيها حباب الرخام التى للماء.
وفى سنة سبع وثمانين وثلاثمائة، جدد بياض المسجد الجامع، وقلع شئ كثير من الفسيفساء الذى كان فى أروقته وبيض مواضعه، ونقشت خمسة ألواح وذهبت ونصبت على أبوابه الخمسة الشرقية، وكان ذلك على يد برجوان الخادم، وكان اسمه ثابتا فى الألواح فقلع بعد قتله.
قال المسيحى فى تاريخه: وفى سنة ثلاث وأربعمائة أنزل من القصر إلى الجامع العتيق بألف ومائتين وثمانية وتسعين مصحفا، ما بين ختمات وربعات، فيها ما هو مكتوب كله بالذهب، ومكّن الناس من القراءة فيها، وأنزل إليه أيضا بتنور من فضة عمله الحاكم بأمر الله برسم الجامع فيه مائة ألف درهم فضة، فاجتمع الناس وعلق بالجامع/بعد أن قلعت عتبتا الباب حتى أدخل به. قال القضاعى: وأمر الحاكم بأمر الله بعمل الرواقين اللذين فى صحن المسجد الجامع، وقلع عمد الخشب وجر الخشب التى كانت هناك وذلك فى شعبان سنة ست وأربعمائة.
وفى سنة ثمان وثلاثين وأربعمائة، أمر الإمام المستنصر بالله بن الظاهر بعمل الحجر المقابل للمحراب، وبالزيادة فى المقصورة فى شرقيها وغربيها، حتى اتصلت بالحذاءين من جانبيها، وبعمل منطقة فضة فى صدر المحراب الكبير أثبت عليه اسم أمير المؤمنين، وجعل لعمودى المحراب أطواق فضة، وجرى ذلك على يد عبد الله بن محمد بن عبدون، وبقيت هذه المنطقة إلى زمن صلاح الدين يوسف بن أيوب، فقلعها منه فى سنة سبع وستين وخمسمائة.
وفى سنة أربعين وأربعمائة، جددت الخزانة التى فى ظهر دار الضرب مقابلة ظهر المحراب الكبير.
وفى سنة اثنتين وأربعين وأربعمائة، عملت لموقف الإمام فى زمن الصيف مقصورة خشب