واعتمد في مسند الإمام أحمد على طبعة القاهرة سنة ١٣١٣هـ وأحال فيها إلى الجزء والصفحة، وفي طبقات ابن سعد على طبعة ليدن سنة ١٩٠٤م، وفي سيرة ابن هشام على طبعة غوتنغن سنة ١٨٥٩م، وفي مغازي الواقدي على ترجمتها المطبوعة في برلين سنة ١٨٨٢م. وقد أشار إلى أرقام الصفحات في كل منها، ولكثرة الطبعات في باقي الكتب وهي: الستة والموطأ والدارمي اعتمد على أرقام اخترعها لكل واحد منها باصطلاح له أبان عنه في مقدمة كتابه المفتاح وذلك أنه قسم كلا منها ما عدا صحيحي البخاري ومسلم وموطأ الإمام مالك إلى كتب أو مجموعات للأبواب وكل كتاب إلى الأبواب التي ذكرها مؤلفة فيها وجعل لكل كتاب منها رقما متتابعا، ثم لكل باب من كتاب رقما متتابعا أيضا، وأشار إلى مواضع الأحاديث بأرقام الكتب والأبواب إلا في كتاب التفسير من صحيح البخاري وهو المرقوم برقم ٦٥، ومن صحيح مسلم وهو برقم ٥٤، ومن سنن الترمذي وهو برقم ٤٤، فاعتمد على عدد سور القرآن وأشار إلى كل سورة برقمها في موضعها من المصحف.
أما صحيح البخاري فإن طبعة ليدن فيها أرقام الكتب والأبواب من عمل مصححها، وأما صحيح مسلم فإنه ليس فيه تراجم للأبواب من عمل مؤلفه بل التراجم التي كتبت على حاشيته من وضع الشراح الذين جاءوا بعده وأهمهم الإمام النووي رحمه الله.
ويوجد في صحيح مسلم كثير من المتابعات وهي الأسانيد التي يروي بها حديثا تأكيدا للإسناد الأول الذي رواه به، فالراوي الثاني يتابع الراوي الذي ذكره قبله في روايته ويؤيده.
فرأى صاحب المفتاح أن يعتبر الأحاديث الأصول في الأبواب ويدع الإشارة إلى المتابعات، ورقم الأحاديث الأصول في كل كتاب من كتب صحيح مسلم بأرقام متتابعة يشير إليها في كتابه.
وأما موطأ الإمام مالك فإن صاحب المفتاح قسمه إلى كتب لأنه لم يكن مقسما تقسيما واضحا، ثم وضع أرقاما متتابعة للكتب وللأحاديث فقط وترك