وقع من صاحب كتاب مفتاح كنوز السنة أخطاء قد تفتح ثغرة للشك في دقة التعامل مع الخطة المنهجية لكتابه، وهذه الأخطاء تتعلق بترقيم الموطأ مما يتبع ذلك الخطأ في العزو.
فمثلا: أن صاحب المفتاح عمد إلى قسط كبير من فقه مالك وبعض ما حكاه عن عمل أهل المدينة فرقمه وهو لا يحتاج أصلا إلى ترقيم لأن ترقيمه يعني إدراجه في العد مع باقي أحاديث الكتاب أولا، وثانيا: العزو إليه من كتاب المفتاح كباقي الأحاديث، والحال أن فقه مالك يختلف عن الحديث من هذا الجانب ثم إن صاحب المفتاح عزا في كتابه القليل مما رقمه من فقه مالك وعمل أهل المدينة وترك الباقي مرقما دون عزو إليه، وهذا الموقف مدعاة للتساؤل بل والتعجب أيضا إذ أنه رقم البعض وأهمل البعض الآخر من الترقيم ثم عزا بعض ما رقمه وترك الباقي دون عزو أليس ترقيمه لذلك يعني العزو إليه في المفتاح!