كان آخر عمل قام به الشيخ حافظ إدارة معهد سامطة، وفي عام ١٣٧٧ هـ حج، وبعد انتهائه من أداء مناسك الحج، أصيب بضربة شمس حادة، انتقل على أثرها في يوم السبت ١٨/ ١٢ / ١٣٧٧ هـ إلى الدار الآخرة، عن عمر يناهز الخامسة والثلاثين، وقد صلي عليه في المسجد الحرام، ودفن في مقبرة العدل، وكان لوفاته أثر عميق في نفس شيخه القرعاوي، وفي نفس كل من يعرف هذا الرجل سواء في الجنوب، أو في غيره (١).
وقد ظهر أثر ذلك جليا في طلاب معهد سامطة، حيث فقدوا أبا حانيا، وأستاذا قديرا، متواضعا، وقد أخذ الشيخ القرعاوي منهم مجموعة إلى الرياض ومكة، لتعزية المشايخ والعلماء في شيخهم، كما رثاه كثير من الشعراء العارفين لقدره،