سيطر المسلمون على معظم هذه التجارة، وكان البرتغاليون باستمرار في حرب معهم؛ لأنهم كانوا يرون في الإسلام عدوا للنصرانية. استمر النفوذ البرتغالي في إندونيسيا حتى مطلع القرن السابع عشر الميلادي، ولكن فقدت البرتغال في وقت وجيز كافة مستعمراتها هناك ولم يتبق لها سوى تيمور التي احتفظت بها حتى عام ١٩٧٥م.
احتل اليابانيون إندونيسيا في مارس ١٩٤٢م. وأعطت سلطات الاحتلال الياباني للإندونيسيين أعمالا مهمة، كان قد استثناهم منها الهولنديون. كما أعطى اليابانيون بعض الاعتراف بالقادة الوطنيين ليجعلوا حكمهم أكثر تقبلا. وفي ١٤ أغسطس ١٩٤٥م استسلم اليابانيون للحلفاء. وفي ١٧ أغسطس من نفس العام أعلن سوكارنو وحاتا جمهورية إندونيسيا المستقلة، ولكن الهولنديين لم يعترفوا بهذا الإعلان.
وصلت القوات البريطانية إلى إندونيسيا بعد استسلام اليابان ووجدوا أن الوطنيين الإندونيسيين قد شكلوا حكومتهم. وعندما رجع الهولنديون وجدوا أن الحكومة الوطنية قد توطدت. وقد غادرت القوات البريطانية بنهاية عام ١٩٤٦م تاركين الإندونيسيين والهولنديين في صراع من أجل السيطرة.
وفي عام ١٩٤٦م توصل الإندونيسيون والهولنديون إلى اتفاقية، وعد الهولنديون بموجبها باستقلال محدود للإندونيسيين ضمن الاتحاد الهولندي. وفي ديسمبر ١٩٤٩م ولدت جمهورية إندونيسيا الفيدرالية، وكان رئيسها الأول سوكارنو ورئيس وزرائها محمد حاتا.
أصبحت إندونيسيا عضوا في الأمم المتحدة في ٢٨ سبتمبر ١٩٥٠م، وبذلك حصلت على اعتراف دولي بها. وفي البداية عملت الحكومة تحت دستور اتحادي، لأن الاتحاد الفيدرالي في نظر الهولنديين هو الوسيلة الوحيدة لضمان وزن متساو للجزر ذات الحجم السكاني الصغير مع الجزر الكثيفة السكان مثل جاوة التي يعيش فيها ثلثا سكان إندونيسيا. وقام حكام إندونيسيا بتغيير الدستور. وفي أغسطس ١٩٥٠م أصبحت إندونيسيا، تعرف باسم الولايات الاتحادية لجمهورية إندونيسيا.