أخذ الفينيقيون بعد عام ١٢٠٠ق. م يسيطرون على البحر الأبيض المتوسط. فمن مواطنهم على الشواطئ الشرقية، أبحروا إلى كافة أجزائه وسافروا عبر مضيق جبل طارق إلى المحيط الأطلسي. وأقام الفينيقيون، مستعمرة قرطاج التي أصبحت قوة بحرية بذاتها بعد حوالي عام ٦٠٠ق. م. كانت الإمبراطورية الرومانية، مع حلول القرن الثاني الميلادي، تحكم جميع الأراضي المحاذية للبحر المتوسط. وكان البحر الأبيض المتوسط قرونا طويلة أعظم طريق بحري في العالم. ومن القرن الثاني عشر إلى القرن الخامس عشر الميلاديين عملت المراكز التجارية المطلة عليه مثل برشلونة والقسطنطينية وجنوة والبندقية على ربط أوروبا بآسيا. لقد أبحر المكتشف البرتغالي فاسكو دا جاما حول إفريقيا عام ١٤٩٧م، ووصل الهند عام ١٤٩٨م، وأخذت بعد ذلك السفن التجارية تستخدم هذا الطريق البحري السهل للوصول إلى الشرق. ونتيجة لذلك تراجعت أهمية البحر الأبيض المتوسط بوصفه طريقا تجاريا. واستمر الوضع كذلك حتى القرن التاسع عشر الميلادي. فقد جعل افتتاح قناة السويس عام ١٨٦٩م البحر الأبيض المتوسط جزءا من أقصر طريق بحري بين أوروبا وآسيا. لقد أغلقت قناة السويس خلال الحرب العربية الإسرائيلية عام ١٩٦٧م. وأعيد فتحها عام ١٩٧٥م.
أصبح تلوث المياه مشكلة خطرة في البحر الأبيض المتوسط خلال السبعينيات من القرن العشرين؛ لذا وقّعت معظم الدول الواقعة على شواطئ البحر الأبيض المتوسط عام ١٩٧٦م معاهدة تعهدت بموجبها العمل على الحد من التلوث. ومنذ ذلك الوقت اتّبعت خططا مفصلة ساهمت بشكل أو بآخر في خفض حدة التلوث.