في القرن الرابع الميلادي أنشأ الإمبراطور النصراني قسطنطين بازيليقا فوق البقعة نفسها التي كان يظن أن القديس بطرس مدفون بها، ثم شيّد قصر الفاتيكان ومباني أخرى تدريجيا حول البازيليقا. وكان المركز السكني الرئيسي للباباوات في العصور الوسطى قصر لاتيران بروما وليس مدينة الفاتيكان، بينما أقام الباباوات في أفينيون بفرنسا بين عامي ١٣٠٩م و١٣٧٧م، وعند عودتهم إلى روما وجدوا قصر لاتيران قد احترق فانتقلوا إلى الفاتيكان، ثم شيدت كنيسة القديس بطرس في العقد الأول من القرن السادس عشر الميلادي، فوق موقع البازيليقا القديمة التي بناها قسطنطين.
بمرور السنين سيطر الباباوات على مساحة في وسط إيطاليا سميت الدولة البابوية، إلا أن البابا بيوس التاسع فقد هذه السلطة في عام ١٨٧٠م بعد سلسلة من الهزائم السياسية. وما كان من البابا بيوس ومن خلفه إلا أن اعتكفوا داخل الفاتيكان، ورفضوا التعامل مع الحكومة الإيطالية. وأخيرا تمت الموافقة على معاهدة لاتيران في عام ١٩٢٩م. وقد تخلى البابا بموجب هذه المعاهدة عن المطالبة بالدولة البابوية في حين وافقت الحكومة الإيطالية على إقامة دولة مدينة الفاتيكان المستقلة. وفي عام ١٩٣٩م، أشرف البابا بيوس الثاني عشر على حفريات أسفل بازيليقا القديس بطرس. وقد كشفت هذه الحفريات، إلى جانب أشياء أخرى، عن ضريح يعتقد أنه للقديس بطرس.