أصبحت البنغال جزءا من الإمبراطورية المغولية التي بسطت نفوذها على ما يعرف الآن بأفغانستان والهند وباكستان. ازدهر الفن وخصوصا فن العمارة الإسلامي في هذا العهد. كان معظم شعب البنغال الشرقي قد تحول إلى الإسلام بحلول القرن الحادي عشر الهجري، السابع عشر الميلادي تقريبا.
عين الأباطرة المغوليون حكاما من المسلمين كان يطلق عليهم اسم النواب ليحكموا مقاطعات الإمبراطورية. بدأت الإمبراطورية المغولية في الانهيار جزئيا وذلك في أوائل القرن الثامن عشر الميلادي، لأن مجموعات هندوسية قوية في وسط وغرب الهند تمردت ضد الحكام المسلمين. وفي الوقت نفسه، أصبحت البنغال والمقاطعات الأخرى مستقلة بصورة متزايدة، حيث استحوذ النواب على المزيد من السلطة لأنفسهم.
واجهت بنغلادش بوصفها دولة مستقلة مشكلات كثيرة. كان الملايين من شعبها بلا مأوى. وكان لابد من استئناف التجارة وطرق النقل وخطوط الاتصالات، كما كان لابد من إعادة بناء المستشفيات والمصانع والمدارس. بدأت برامج إعادة البناء تقريبا على الفور. ولكن الفيضانات ونقص الغذاء تسببا في معاناة واسعة الانتشار، كما أضعف من هيبة الحكومة كثرة الاتهامات الموجهة إليها بالفساد السياسي.