دمّر الغزاة النرويجيون مدينة بون إبان القرن التاسع الميلادي، ومع حلول عام ١٢٠٠م، أعيد تأسيس بون تحت قيادة رئيس أساقفة كولون، وبقيت بون مقرا لأمراء كولون في الفترة ١٢٦٥ - ١٧٩٤م عندما سيطرت عليها القوات الثورية الفرنسية.
وفي عام ١٨١٥م، أصبحت بون والمنطقة المحيطة بها جزءا من مملكة بروسيا. وأنشئت جامعة بون في عام ١٨١٨م على يد ملك بروسيا فريدريك وليم الثالث حيث أصبحت مركزا للعلوم والمعرفة. وازدهرت بون لأن كثيرا من العائلات الثرية أحبّت الطبيعة السكنية الهادئة للمدينة، فاستقرّت فيها.
عكّرت الحرب العالمية الأولى (١٩١٤ - ١٩١٨م) وحالة عدم الاستقرار السياسي، في أرض الراين خلال العشرينيات من القرن العشرين الميلادي، صفو الحياة الهادئة لمدينة بون. وإبان الحرب العالمية الثانية (١٩٣٩ - ١٩٤٥م)، عانت بون من التدمير الشديد نتيجة للغارات الجوية والقصف المدفعيّ.
وفي عام ١٩٤٩م، قسّمت ألمانيا إلى دولتين منفصلتين: ألمانيا الشرقية وألمانيا الغربية، وأصبحت بون عاصمة لألمانيا الغربية. وتم اختيار بون لقربها من روندورف، وهي البلدة التي ينتمي إليها كونراد أديناور أول مستشار لألمانيا الغربية. وكان من المقرر أن تبقى بون عاصمة لألمانيا إلى أن يعاد توحيدها، وعندئذ يتعين على الحكومة أن تعود لبرلين، التي كانت عاصمة ومقرا للحكومة الألمانية قبل تقسيم عام ١٩٤٩م. وأعيد توحيد ألمانيا في عام ١٩٩٠م وأصبحت برلين عاصمة رسمية لألمانيا الموحدة، لكن بون أصبحت مقرّ الحكومة، حيث توجد فيها معظم الدوائر الحكومية. وفي عام ١٩٩١م، صوّت البرلمان الألماني لصالح نقل مقر الحكومة إلى برلين، ووضع جدولا زمنيا لنقل الدوائر الحكومية هناك خلال ١٠ إلى ١٢ عاما. تم نقل البرلمان من بون إلى برلين في عام ١٩٩٩م، أما مكاتب المستشار الألماني فلم تنقل إلا في عام ٢٠٠١م.