وفي القرن الأول الميلادي، استطاع قائد الإمبراطور يوليوس قيصر أن يستولي عليها بعد موقعة "مندا" عام ٤٥م. ثم أصبحت عاصمة إقليم باطقة بعد أن قسم الإمبراطور أغسطس قيصر أسبانيا السفلى إلى اقليميي لوزيتانية وباطقة. ثم أصبحت بعد ذلك واحدة من أربعة مراكز قضائية في أسبانيا الجنوبية بجانب قادس وإشبيلية وإستجة. وقد أخذت قرطبة تفقد أهميتها شيئا فشيئا أمام طليطلة، التي تفوقت عليها منذ أواخر القرن السابع الميلادي.
وفي عام ٩٣هـ / ٧١١ م فتحت قرطبة أبوابها لجيوش المسلمين بقيادة طارق بن زياد. وكان الفتح الإسلامي للمدينة أمرا هينا ميسورا، حيث بعث طارق بن زياد قائده مغيث الرومي إلى قرطبة في سبعمائة فارس، فأقبلوا نحو المدينة ليلا يسترهم الظلام - وقد أغفل حرسها حراسة سورها - ونجح بعض رجال مغيث في ارتقاء ممشى السور، ووثبوا داخل المدينة، وفاجئوا حراس بابها الجنوبي، فقتلوا منهم نفرا وفتحوا الباب، فتدفقت منه جيوش المسلمين، وفتحوا المدينة. وأصبحت قرطبة، بعد فتح المسلمين لها، حاضرة إسبانيا الإسلامية، واستعادت مكانتها القديمة التي سلبتها إياها طليطلة.
ومنذ عهد أيوب بن حبيب اللخمي، استقر بها ولاة الأندلس قرابة ثلاثة قرون حتى سقوط الخلافة الإسلامية في الأندلس. ولقد احتفظ أهلها من النصارى بحريتهم الدينية والمدنية مقابل ما كانوا يدفعونه من جزية وفقا لعهد المصالحة بينهم وبين المسلمين.