اتحدت عدة مجموعات من المغول تحت قيادة جنكيزخان في بداية القرن الثاني عشر الميلادي. وقد وسع جنكيزخان وحفيده قبلاي خان الإمبراطورية المغولية من كوريا والصين باتجاه الغرب حتى وصلا إلى أوروبا. وقد انهارت هذه الإمبراطورية في نهاية القرن الثالث عشر الميلادي. وقد أعاد أمراء المغول توحيد منغوليا في نهاية القرن الخامس عشر الميلادي، وأمروا الناس باعتناق عقيدة اللاما. وفي بداية القرن السادس عشر الميلادي، سيطر حكام شعب منشوريا المنغوليون على منغوليا الداخلية. وقد انتصر هؤلاء الحكام على الصين في عام ١٦٤٤م واستولوا على منغوليا الخارجية في عام١٦٨٠م.