والمشكلة الثانية التي تواجه التعليم الجامعي في إفريقية هي مشكلة (اللغة) وقد بسطنا فيها القول من قبل، لكن الجدير بالذكر هنا أن مشكلة اللغة تفرض ظلالها على الجامعات الإفريقية في داخل العملية التعليمية نفسها، وتحول دون أن تؤدي الجامعات الإفريقية دورها الحضاري السليم في خدمة البيئة والتنمية الاجتماعية والاقتصادية والاستقلال الثقافي. . ففضلا عن تعدد اللغات الوطنية في الإقليم الواحد، هناك التناقض بين هذه اللغات واللغة الرسمية الذي يؤدي إلى ثنائية في الثقافة، وهناك الصراع المصيري مع لغة الاحتلال الأجنبي.
وبإيجاز شديد تعتبر "اللغة" مظهرا كبيرا من مظاهر أزمة التعليم الجامعي في إفريقية، وهي - بحق - مشكلة لا يمكن تجاهلها عند البحث في مشكلات الجامعات الإسلامية والحلول المقترحة لها.
ومن المشكلات كذلك (عدم كفاية الموارد المالية) التي تكفي التعليم الجامعي وتحقق له النهضة المنشودة وتمكنه من ملاحقة التطورات التعليمية الحديثة، فإن الموارد المالية المخصصة للتعليم في إفريقية تعد زهيدة جدا إذا قورنت بعدد السكان من ناحية، وبزيادة تطلع الإفريقيين للالتحاق بالتعليم الجامعي من ناحية ثانية، وأيضا إذا قورنت بمتوسط الإنفاق على التعليم في الدول المتقدمة من ناحية ثالثة، هذا بخلاف ما تتعرض له الدول الإفريقية من هزات اقتصادية من الكوارث الطبيعية كالسيول وموجات الجفاف، مما يؤدي إلى تقليص ميزانية التعليم وخفض أعداد المقبولين.
وإلى جانب هذه المشكلات تواجه الجامعات الإفريقية مشكلة (إعداد هيئة التدريس) وتدريبهم ليكونوا على المستوى العلمي المطلوب، وقد لا تتوافر الكوادر الأكاديمية المحلية اللازمة لهذا الإعداد إضافة إلى العجز