القرآن- حلال العقد في أحكام المعتقد- درء القول القبيح- شرح الأربعين النووية- الشعار المختار على مختار الأشعار- الصعقة الغضبية في الرد على منكري العربية- مختصر روضة الناظر- موائد الحيس على فوائد امرئ القيس - وغيرها.
رمي الطوفي بالتشيع، بل بالرفض، ونقل ذلك بعض من ترجم له، وكان أكثر من تعرض له وحمل عليه ابن رجب في " الذيل "، فقد جرحه، وكال له التهم، وذكر بعض الأدلة على ذلك.
واجتهد المحدثون ممن درسوا مؤلفات الطوفي أو كتبوا عنه في رد هذه الشبهة، وتحدثوا عن سببها، وأن الطوفي تكلم عند شيخه سعد الدين الحارثي في القاهرة بكلام عده الشيخ تطاولا، فأوكل شمس الدين ابن الشيخ أمر الطوفي إلى الشرط، واتهموه بالتشيع، فحبس وعزر، وطيف به في شوارع القاهرة.
وقد قدم الدكتور مصطفى زيد، والدكتور إبراهيم بن عبد الله، أدلة كثيرة واضحة تدل على أنه براء من هذه التهمة، وأنه حنبلي النشأة والثقافة، وأنه لم يعرف عنه منذ كان في بلده إلى أن دخل بغداد ودمشق والقاهرة شيء غير ذلك، وأن أقواله ونصوصه في مؤلفاته تبين بوضوح أنه لا علاقة له بالتشيع والرفض، بل إن فقهه الحنبلي، وعنايته بكتب المحدثين من أهل السنة تدل على عكس ذلك، وفي مؤلفاته مناقشات واعتراضات وردود على الشيعة، واعتراض على أصولهم، وأن ما نسب إليه ليس إلا دسيسة ومكيدة، وقد حيكت لعدد من العلماء قبله، بل لم ينج منها شيخه ابن تيمية