وحدث عنه: حماد بن سلمة أحد شيوخه، والحكم بن موسى، وبشر الحافي، وسليمان بن بنت شرحبيل، وأبو بكر بن أبي شيبة، وإسحاق ابن راهويه، وعلي بن حجر، وعلي بن خشرم، ومسدد، وعمرو الناقد، ومحمد بن مهران الجمال، ومؤمل بن الفضل، ونصر بن علي الجهضمي، ويحيى بن معين، ويزيد بن موهب، ويعقوب الدورقي، وهشام بن عمار، وأبو نعيم الحلبي، وأحمد بن جناب، وأحمد بن عبدة الضبي، والحسن بن عرفة، وسعيد بن يحيى الأموي، وسفيان، ووكيع، والنفيلي، وأمم سواهم.
وقد حدث عنه أبوه يونس بن أبي إسحاق، ومات أبوه قبل ابن عرفة بأكثر من مائة عام. وثقه أحمد، وأبو حاتم، والنسائي، وابن خراش، وطائفة.
قال أحمد بن حنبل: هو أصح حديثا من أبيه. قيل له: فإسرائيل؟ قال: ما أقربهما. وقال المروذي، عن أحمد: ثبت. وكنا نخبر أنه سنة في الغزو، وسنة في الحج. وقد قدم بغداد في شيء من أمر الحصون، فأمر له بمال، فأبى أن يقبله.
الأثرم، عن أحمد قال: كان عيسى بن يونس يسند حديث عائشة: أن النبي -صلى الله عليه وسلم- كان يقبل الهدية، [ويثيب عليها] والناس يرسلونه، وكذا قال ابن معين.
قال عثمان بن سعيد: سألت يحيى بن معين، قلت: فعيسى بن يونس أحب إليك أو أبو معاوية؟ فقال: ثقة وثقة. وقال حرب بن إسماعيل: سئل علي ابن المديني عن عيسى بن يونس، فقال: بخ بخ، ثقة، مأمون.
وقال ابن عمار: هو أثبت من إسرائيل، عيسى حجة. وقال العجلي: ثقة ثبت يسكن الثغر.
وقيل: إنه زار ابن عيينة، فقال: مرحبا بالفقيه ابن الفقيه ابن الفقيه. وقال أبو زرعة: كان حافظا.
وقال أبو همام السكوني: حدثنا عيسى بن يونس الثقة الرضي. وقال ابن راهويه: قلت لوكيع: إني أريد أن أذهب إلى عيسى بن يونس، قال: تأتي رجلا قد قهر العلم.