إبراهيم بن هاشم البغوي: سمعت بشر بن الحارث يقول: كان عيسى بن يونس يعجبه خطي، فكان يأخذ القرطاس، فيقرأه علي. قال: كتبت من نسخة قوم شيئا ليس من حديثه. قال: كأنهم لما رأوا إكرامه لي، أدخلوا عليه في حديثه. قال: فجعل يقرأ علي، ويضرب على تلك الأحاديث، فغمني ذلك، فقال: لا يغمك، لو كان واوا ما قدروا أن يدخلوه علي، أو قال: لو كان واوا، لعرفته. وروى حنبل، عن أبي نعيم، أنه فضل عيسى بن يونس على إبراهيم بن يوسف السبيعي. وقال: لم يسمع إبراهيم من أبيه.
قال أحمد بن داود الحداني: سمعت عيسى بن يونس يقول: لم يكن من أسناني -أو قال: من أترابي- أبصر بالنحو مني، فدخلني منه نخوة فتركته.
قال: ورأيت فرجا خادم أمير المؤمنين جاء إلى عيسى وهو قاعد بدرب الحدث على بابه، فكلمه، فما رفع به رأسا، ولا نظر إليه، فانصرف ذليلا.
أبو سعيد الأشج: حدثنا عمر بن أبي الرطيل، عن أبي بلال الأشعري، عن جعفر البرمكي قال: ما رأينا في القراء مثل عيسى بن يونس، أرسلنا إليه، فأتانا بالرقة، فاعتل قبل أن يرجع. فقلت له: يا أبا عمرو، قد أمرنا لك بعشرة آلاف. فقال: هيه. قلت: خمسون ألفا. قال: لا حاجة لي فيها. فقلت: ولم؟ والله، لأهنينكها، هي والله مائة ألف، قال: لا والله، لا يتحدث أهل العلم أني أكلت للسنة ثمنا، ألا كان هذا قبل أن ترسلوا إلي، فأما على الحديث فلا، ولا شربة ماء، ولا إهليلجة.
قال أحمد بن داود: وسمعت محمد بن عبيد الطنافسي يقول لأصحاب الحديث: ألا تكونون مثل عيسى بن يونس، كان إذا أقبل إلى الأعمش ومعه الشباب والشيوخ ينظرون إليه، وإلى هديه وسمته.
وروى محمود بن غيلان، عن محمد بن عبيد قال: رأيت أصحاب الأعمش الذين لا يفارقونه: عيسى بن يونس، وأبو بكر بن عياش، وحفص بن غياث.