حدّد ابن الفقيه والمقدسي طول المسجد الأقصى بألف ذراع، وعرضه بسبعمائة ذراع، وأنه يضم أربع منائر للمتطوعة، ومنارة للمرتزقة، وثلاث مقصورات للنساء وثمانية أبواب وأربعة محاريب. أمّا المسجد الأقصى الذي تقام فيه صلاة الجمعة وهو المتعارف عليه في عصرنا الحاضر، والذي يقع في الجهة القبلية من ساحة الحرم القدسي فهو بناء عظيم، به قبة مرتفعة مزّينة بالفصوص الملونة، وتحتها المنبر والمحراب. يمتد بناؤه من جهة القبلة إلى الشمال في سبعة أروقة متجاورة مرتفعة على الأعمدة الرخامية والسواري التي تضم ٣٣ عمودا رخاميّا و٤٠ سارية مبنية بالحجر. يمتد المسجد من الجنوب إلى الشمال بطول ١٠٠ ذراع، ومن الشرق إلى الغرب بطول ٧٦ ذراعا. وفي الجنوب الشرقي داخل المسجد، توجد مجموعة من العقود المشيدة بالحجر والجص وبها المحراب. وتسمى هذه الجهة جامع عمر. وإلى الشمال منها إيوان كبير معقود وآخر يسمى محراب زكريا بجوار الباب الشرقي.
ارتبط ذكر المسجد الأقصى عند المسلمين بمعجزة الإسراء والمعراج التي كانت بداية للصلة الفعلية بين الإسلام والحرم القدسي الشريف، حيث كان هذا المكان مسرى النبي ومعراجه. وبعد ما يزيد على سبعة عشر عاما من الإسراء والمعراج، كانت جيوش المسلمين تحاصر بيت المقدس في العام الخامس عشر من الهجرة، وبعد وفاة الرسول بخمس سنوات.
بعد أن تسلّم الخليفة الثاني لرسول الله عمر بن الخطاب بيت المقدس، كشف عن مكان الصخرة المباركة التي طمرت تحت الأتربة والنفايات، وتسابق المسلمون في مشاركته ذلك العمل حتى تم تنظيف المكان المبارك، وظهرت الصخرة. بنى عمر رضي الله عنه المسجد المعروف بالمسجد العمري وأصبحت الصخرة في مؤخرته.
تم تجديد قبة الصخرة عام ٤١٣هـ لحفظها من آثار التعرية الجوية، وتوالت التجديدات في عهدهم، لتشمل الحرم القدسي المبارك بكامله.