وبمجرد أن تسلم صلاح الدين الأيوبي مدينة القدس، وبعد أن طهرها من الصليبيين، عقب احتلال دام ٨٨ عاما، عمل على إزالة التشوهات التي لحقت بالآثار الإسلامية، فطهر قبة الصخرة من التماثيل والهياكل التي وضعت فوقها، وأزال الجدار الذي وضعه الصليبيون على محراب المسجد الأقصى، وأمر بتجديده، ونقل إلى المسجد الأقصى المنبر الذي أعده نور الدين زنكي لهذا.
وقد كان المسجد الأقصى مركزا للحياة الفكرية في بيت المقدس. وذلك بما قام فيه وفي ساحاته وحوله من مؤسسات علمية مدارس ومكتبات ودور لحفظ القرآن ودراسة علومه ودور للحديث النبوي الشريف وزوايا وخوانق، ورباطات معاهد علمية أو كليات جامعية تعقد فيها الحلقات العلمية لدراسة العلوم الشرعية، وعلوم اللغة العربية والتاريخ وعلم الكلام والمنطق والعلوم الرياضية، وغيرها من فنون العلم.