لم تحل الحكومة الجديدة مشاكل تشاد، لذلك هرب الرئيس مالوم عام ١٩٧٩م.، وتصارعت بعد ذلك مجموعتان من القوات الثائرة علي السلطة، تنتمي إحداها لحبري الذي كان في ذلك الوقت وزيرا للدفاع. ورأس المجموعة الأخرى الرئيس الجديد جيكوني عويضي. الذي تلقى دعما من ليبيا. وفي عام ١٩٨٠م، هزم الجيش بقيادة حبري واستولى جيكوني على السلطة، وظلت القوات الليبية في تشاد حتى عام ١٩٨١م، عندما طالبها جيكوني بالرحيل. وقد حلت قوات حفظ السلام من منظمة الوحدة الإفريقية محل القوات الليبية، ولكنها فشلت في أن تمنع قوات حبري من الدخول ثانية إلى إنجمينا.
وفي يونيو ١٩٨٢م، أطاح الجيش بقيادة حبري بحكومة جيكوني الذي هرب، كما انسحبت قوات حفظ السلام الإفريقية وصار حبري رئيسا، ولكن جيكوني عاد مع قوات من ليبيا. وفي عام ١٩٨٦م، اندلع الصراع بين قوات جيكوني وحلفائهم الليبيين. واتحدت قوات جيكوني مع قوات حبري، وهاجم حبري الليبيين. وفي عام ١٩٨٧م، انسحب الليبيون من كل تشاد فيما عدا شريط أوزو، ووافقت الدولتان على الهدنة في أواخر عام ١٩٨٧م. لكن استمر الصراع قائما بينهما على ذلك الشريط حتى فصلت محكمة العدل النزاع لصالح تشاد، وأعيد الشريط في ١٩٩٤م لتشاد. وفي ديسمبر ١٩٩٠م، استطاعت مجموعة ثورية تسمى حركة الإنقاذ الوطنية من إقصاء حكومة حبري. وقامت هذه المجموعة بتشكيل حكومة جديدة برئاسة إدريس دبي. وفي عام ١٩٩٣م، عقد مؤتمر ضم كافة الأحزاب والفعاليات السياسية، وتم تشكيل حكومة مؤقتة. وفي عام ١٩٩٦م، أقرت تشاد دستورا جديدا، وأجريت انتخابات رئاسية وظل إدريس دبي رئيسا للبلاد. وفي عام ١٩٩٧م، أجريت انتخابات برلمانية، وحازت حركة الإنقاذ الوطنية معظم مقاعد البرلمان. أعيد انتخاب دبي مرة أخرى في عام ٢٠٠١م، وحافظت حركة الإنقاذ على الأغلبية البرلمانية بعد الانتخابات التي أجريت في عام ٢٠٠٢م.