نلاحظ أن مشاغله الكثيرة لم تصرفه عن الاهتمام بالعلم، وتشجيع الطلاب عليه، فقد حرص على توسيع القاعدة العلمية، والاهتمام بتوجيه ورعاية طلاب العلم؛ حيث تبنى فتح المعاهد العلمية في مدن المملكة، وكليتي الشريعة واللغة العربية بالرياض، ووافق الملك على اقتراحه، ولكي يستقطب أكبر عدد ممكن من الطلاب عرض على الملك عبد العزيز - رحمهما الله جميعا - وضع مكافآت مجزية للطلاب، وحظي هذا العرض بالتأييد، فكان الشيخ محمد يحضر الدروس ليستمع إلى الطلاب في فصولهم، ويناقشهم ليعرف مستواهم العلمي، ويلتقي بالمدرسين ليشجعهم ويطمئن على سلامة تدريسهم وعلى قدراتهم العلمية.
كما كان يخصص يوما يلقي فيه كلمة توجيهية في المدرسين والطلاب، ويجيب على أسئلتهم، ويحضر النادي الثقافي في مساء الخميس من كل أسبوع بالمعهد العلمي بالرياض، ويستمع لما يلقى فيه، ويعلق وينبه على كل ما يراه ضروريا.
كما تولى سماحته الإشراف على مدارس دور الأيتام في المملكة وفي عام ١٣٨٠ هـ صدر أمر بالموافقة على تعليم البنات في المملكة، وأن يكون بإشراف ورعاية الشيخ محمد بن إبراهيم؛ حيث سار التعليم في دور الأيتام، وفي مدارس البنات بالمملكة، على توجيهاته، ورقابته الدينية.