مرت دار العلوم بمراحل كثيرة منذ نشأتها الأولى وحتى الآن، وكانت في الفترة الأولى من عهدها التي امتدت لنحو خمسة عشر عاما من [١٢٨٩ هـ= ١٨٧٢م] إلى [١٣٠٤ هـ= ١٨٨٧م] ليس لها منهج دراسي مطبوع ولا مدة دراسية محددة، فقد تخرج الطلاب في الأعوام الثلاثة الأولى بعد عام دراسي واحد درسوا خلاله التفسير، والفقه، والعلوم الأدبية، والتاريخ العام، والجغرافيا، والحساب، والهندسة، والكيمياء، والطبيعة، والخطوط العربية.
وفي عام [١٢٩٢هـ= ١٨٧٥م] تم طبع المناهج الدراسية، ووزعت على خمس سنوات دراسية، وكان عدد الطلاب في عام [١٢٩٣هـ= ١٨٧٦م] لا يزيد عن (١٦) طالبا، وأصبح عددهم (٣٨) طالبا في عام [١٢٩٤ هـ=١٨٧٧م] موزعين على فرقتين دراسيتين.
وفي سنة [١٢٩٧ هـ=١٨٨٠م] اشترطت نظارة المعارف عقد الامتحان العملي لخريجي "دار العلوم" بالمدارس الابتدائية التمرينية قبل تعيينهم، وأضافت النظارة مادة اللغة الفرنسية إلى مواد الدراسة للفرقتين الثانية والثالثة.
وفي عام [١٣٠٢هـ= ١٨٨٥م] ضمّت "مدرسة الألسن" إلى "دار العلوم"، وأصبح متاحا للطلاب تعلم إحدى اللغتين: الفرنسية أو الإنجليزية، وكان الطلاب يتلقون دروس الكيمياء والطبيعة في مدرسة الطب مرة كل أسبوع.
المرحلة الثانية: الحركة والتغيير
وقد امتدت هذه الفترة لمدة ثماني سنوات من [١٣٠٤ هـ= ١٨٨٧م] إلى [١٣١٣هـ=١٨٩٥م] وتميزت بالحركة المستمرة، ففي عام [١٣٠٤ هـ=١٨٨٧م] أصدر مجلس النظار قانونا يحدد العلوم التي تدرس بدار العلوم، وهي: